ホーム > 研究開発内容・成果紹介、データベース・解析ツール紹介
研究開発内容・成果紹介、データベース・解析ツール紹介
11年間にわたるバイオインフォマティクス推進センター事業(BIRD)の歴史、
その研究成果紹介などをまとめた、「BIRD 成果集」(PDF:9.91MB)を掲載しました。
2011年11月14日(月)に「バイオインフォマティクス推進センター事業(BIRD)
第8回研究開発成果報告会」を日本科学未来館みらいCANホールで開催します。
今回がBIRDとして最後の成果報告会となり、終了後には交流会も予定しています。
皆様お誘い合わせの上、是非ご来場ください。
2011年4月1日(金)、ライフサイエンス分野のデータベースの統合を目指して
バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC;National Bioscience Database Center)
が発足しました。
詳細はバイオサイエンスデータベースセンターのサイトをご覧下さい。
第7回研究開発成果報告会開催のご報告
2011年3月8日(火)、東京コンファレンスセンター・品川におきまして、第7回研究開発成果報告会を開催いたしました。
報告会におきましては、生命情報データベース高度化・標準化の第Ⅱ期7課題の代表研究者が、5年間の研究開発成果を発表いたしました。
当日は多くの方々にご来場頂き、誠にありがとうございました。
独立行政法人科学技術振興機構（ＪＳＴ）では、バイオサイエンスデータベースセンター設置準備のため、１０月１日にバイオサイエンスデータベースセンター準備室を開設しました。
バイオインフォマティクス推進センター事業の実施は、旧研究基盤情報部バイオインフォマティクス担当から、バイオサイエンスデータベースセンター準備室に引き継がれました。
詳細はバイオサイエンスデータベースセンター準備室のサイトをご覧下さい。
第6回研究開発成果報告会（11/10開催）のご案内
バイオインフォマティクス推進センター事業の一環である「創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」事業の平成１９年度採択研究開発課題および平成２０年度採択継続研究開発課題が終了するに当たり、研究開発成果報告会を開催します。多くの皆様にぜひご参加いただきたくご案内申し上げます。
日 時：2010年11月10日（水）13:00～17:40
場 所：東京コンファレンスセンター・品川
参加費：無料
バイオインフォマティクス推進センター事業の一環である「創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」事業の平成21年度採択継続研究開発課題のホームページを公開しました。
その他の進行中研究課題につきましても、内容を更新したページがございますので、是非ご覧ください。
バイオインフォマティクス推進センター事業の一環である「創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」事業の平成18年度採択研究開発課題の事後評価結果を公開しました（左図は11月17日開催の成果報告会の様子）。
成果の多くは公開していますので、ご活用いただければ幸いです。
バイオインフォマティクス推進センター事業の一環である「創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」事業の平成18年度採択研究開発課題が終了するに当たり、研究開発成果報告会を開催します。今回は終了課題の成果報告に加え、当事業で現在進行中の課題からのポスター発表も行います。多くの皆様にぜひご参加いただきたくご案内申し上げます。
日 時：2009年11月17日（火）13:30～17:15
場 所：東京コンファレンスセンター・品川
参加費：無料
2009年8月29日に行われた「バイオインフォマティクスの基礎：生命科学一般（講師：山口由美（理化学研究所））」のストリーミング配信を開始しました。
・生命体の成り立ちと流れ（講義１、講義２）
・ヒト遺伝子データベースの活用法（講義３）
難易度としてはバイオインフォマティクス技術者認定試験（日本バイオインフォマティクス学会主催）[外部リンク]の試験問題レベルです。
視聴後はアンケートへのご協力もよろしくお願いします。
今後開催の講座も順次ストリーミング配信を予定しています。
2009年7月25日に行われた「バイオインフォマティクスの基礎：情報学一般（講師：加藤毅（お茶の水女子大学））」のストリーミング配信を開始しました。
講義１：確率・統計
講義２：機械学習、コンピュータシステム、アルゴリズム
講義３：コンピュータシステム、アルゴリズム
難易度としてはバイオインフォマティクス技術者認定試験（日本バイオインフォマティクス学会主催）[外部リンク]の試験問題レベルです。
視聴後はアンケートへのご協力もよろしくお願いします。
今後開催の講座も順次ストリーミング配信を予定しています。
【新規追加コース】
・GenBankクイックスタート
・微生物ゲノムクイックスタート
・My NCBIチュートリアル（JSTが独自に作成）
・BLASTチュートリアル（JSTが独自に作成）
その他、既存コースについても更新しました。
例）My NCBIチュートリアル（左図）
NCBIサイトでのPubMed検索利用時に利用者が自分で使用方法に合わせてカスタマイズできるMy NCBIと呼ばれるツールの使い方を説明しています。 My NCBIへのアカウントの作り方からMy NCBIを使った検索式の保存方法、メールによるアラート機能、検索時のフィルタ機能の使い方を紹介しています。
また、代表的なゲノムブラウザであるEnsemblやUCSCゲノムブラウザを解説するEnsemblミニコース、UCSCゲノムブラウザミニコースについても新規に作成しました。
東京大学分子細胞生物学研究所の伊藤啓准教授の研究グループはケルン大学（ドイツ）などとの共同研究で、ショウジョウバエの音・重力・風を検知する機構を解明し、ショウジョウバエの音や重力の情報処理回路が人間の聴覚・重力感覚のそれと類似していることを示しました。進化的に遠く離れているショウジョウバエと人間の音や重力の情報処理回路が似ていることは、特定の種類の情報を処理するために最適な方法を求めてそれぞれが独自に進化した結果、同じような構造に行き着いた収斂進化の可能性を示しています。
本研究成果の一部はJSTバイオインフォマティクス推進事業によってサポートされたものであり、英科学誌「Nature」に掲載されました。
（左図は伊藤准教授より許可を得て掲載）
ゲノム解析ツールリンク集をリニューアルしました。
【新機能の紹介】
・ツールの階層分類をツリー形式で表示。
・基本的な解析ツールに関する「How to」を新設（現在、5つの記事を公開中）。
・ツールの紹介記事において、ツールが属するカテゴリを表示。
・並び替え機能（被引用件数、更新日、アルファベット順）を追加。
★ゲノム解析ツールリンク集とは・・・
分子生物学に関わるデータ解析のソフトウェアやWebサービス（ゲノム解析ツール）をデータベース化したものです。カテゴリ別に分類し、オリジナルサイトへのリンクとツールの簡単な説明を付けて提供しています。
ＪＳＴ バイオインフォマティクス推進事業の一環として、東京大学 大学院新領域創成科学研究科の森下 真一 教授は、スタンフォード大学のアンドリュー・ファイヤー教授らとの共同研究で、ＤＮＡの３次元構造（ヌクレオソーム構造）がＤＮＡの変異に相関するという性質を、超高速ＤＮＡ解読装置を活用し、メダカのＤＮＡ全体の情報を分析することによって明らかにしました。これはＤＮＡ進化の新たな原理を示す基本的な成果です。
超高速ＤＮＡ解読装置が急速に普及する中で、本研究で開発した大量のデータを解析するためのクラスター型並列計算機上で動作する新たなソフトウエア群は、今後も利用され、新たな生物学的発見へ寄与するものと期待されます。
本研究成果は、米国科学誌「Science」のオンライン速報版[外部リンク]で公開されました。
バイオインフォマティクス推進事業の一環である「創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」事業の平成17年度採択研究開発課題が終了するに当たり、研究開発成果報告会を開催することになりました。各課題での新しい試みや得られた知見を多くの方々に直接ご紹介するとともに、成果の利用はもちろん、次につながる問題点を議論していただき、今後のバイオインフォマティクスの推進に貢献できればと思います。多くの皆様にぜひご参加いただきたくご案内申し上げます。
日 時：2008年11月4日（火）14:45～18:00
場 所：東京コンファレンスセンター・品川
参加費：無料
生命現象において遺伝子発現が正しく制御されることは重要であり、遺伝子の転写制御を理解することは学問的意義があるだけでなく、疾患メカニズム等の解明にもつながります。今回は中井教授に遺伝子の転写制御領域の配列解析についてご講義いただきました。実習ではEnsembl[外部リンク], Melina II[外部リンク], JASPAR[外部リンク], DBTSS[外部リンク]などのデータベースやウェブツールを用いて、遺伝子の転写制御領域に存在する転写因子結合部位の探索を行った後、その遺伝子と同様の転写制御を受ける可能性のある遺伝子の候補を検索しました。
なお、今回の講師 中井教授はJST-BIRDの研究開発課題「転写制御領域の構築原理解明」の代表研究者です。
タンパク質と化合物の結合予測をすることは新薬候補物質の探索に非常に役立ちます。今回は榊原教授にタンパク質と化合物の結合予測の2つの解析法（ドッキング解析と統計解析）についてご講義いただきました。ドッキング解析は立体構造を必要とし、計算時間は要しますが、詳細な情報を得ることができます。一方、統計解析では立体構造を必要とせず、タンパク質の配列情報、化合物の二次構造情報を用いて結合の有無を高速に予測できます。受講生は実際にドッキング解析のツールとしてAutoDock[外部リンク]を、統計解析のツールとしてCOPICAT[外部リンク]をそれぞれ用い、タンパク質-化合物の結合を予測しました。
なお、今回の講師 榊原教授はJST-BIRDの研究開発課題「タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発」の代表研究者であり、COPICAT[外部リンク]も本プロジェクトにて開発されました。
東京大学 清水謙多郎教授を講師に招き「タンパク質構造予測とデータベース実習」というテーマでゲノムリテラシー講座を開催しました。清水教授によるタンパク質構造予測についての講義の後、ホモロジーモデリングの代表的なツールの一つであるModeller[外部リンク]等を用いてタンパク質の立体構造予測の実習も行いました。
このようにJST-BIRDではバイオインフォマティクス分野のさらなる進展に貢献することを目的として、年に数回バイオインフォマティクス技術に関する講座を開催しています。
なお、今回の講師 清水教授はJST-BIRDの研究開発課題「高精度タンパク質間相互作用予測システムの開発」の代表研究者です。
遺伝子には個人差があり、一番多いのは塩基が一つだけ違っている変異、一塩基多型SNPです。JSNP（A database of Japanese Single Nucleotide Polymorphisms）では、日本人の686,895カ所の一塩基多型（SNPs）データについて、アノテーションデータ（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加して提供しています。検索機能では、遺伝子名やアクセッション番号によるキーワード、あるいは染色体のバンド名などを検索条件として入力することで、条件に該当する多型（SNP）の一覧、及び各多型のより詳細な情報を閲覧する事ができます。
新機能「HOWDY LinkMap」
HOWDY LinkMapは検索結果から、遺伝子、タンパク質及びPubMedの関連性を図示します。
HOWDYは、キーワード検索、大量データのbatch検索、染色体地図検索（ChromosomeMap検索）等、利用者のニーズにあわせた検索方法を提供しています。
近年、ゲノムシークエンシング技術の発展により、ヒトゲノム計画に代表される様々な生物種のゲノム配列が次々と決定されています。複数の生物種のゲノム配列が決定されることにより、生物間のゲノム配列比較を行うことが可能となりました。真核生物比較ゲノムブラウザ（Eukaryotic Comparative Genome Browser）では、ヒトやチンパンジー、マウス、ラット等の真核生物のDNA配列を比較し、生物種の間で保存されているDNA配列を提供しています。 ヒトゲノムを中心とし、ゲノムレベルで他生物種との配列類似性を調べることができます。
多型情報ネットワークでは、JSNP、JG-SNP、mtSNP、dbProP等、遺伝子の個人差に関する情報を集めたデータベースをネットワーク化しており、多型情報の総合検索窓口を提供しています。
多くの研究機関が分子生物学に関わるデータ解析のソフトウェアやWebサービス（以下、ゲノム解析ツールとする）をインターネット上で提供しています。ゲノム解析ツールリンク集では、500件以上のゲノム解析ツールをデータベース化しています。カテゴリ別に分類し、オリジナルサイトへのリンクとご利用の目安となる情報を付加して提供しています。
国内外の医学・生物関連データベースの情報を集めて提供 -WING-
WING（BIRD's WWW Intelligent Navigator for Genomics）は、医学生物関連データベース専門の探索・活用サイトです。キーワードやカテゴリ等を用いて、国内外に多数ある医学・生物学関連データベース中から適切なデータベースを探し出すことができます。情報収集した情報の所在を示すだけでなく、その特徴（検索方法等）を日本語で提供することにより、各データベースの活用・促進を目指しています。
地球規模生物多様性情報機構GBIF（Global Biodiversity Information Facility）は生物多様性に関するデータを各国・各機関で分散的に収集し、ネットワークを通じて全世界的に利用することを目的とする国際協力による科学プロジェクトです。日本の生物多様性情報ウェブサイトを紹介するとともに、地球規模生物多様性情報機構に関する国内・国際活動を紹介しています。JSTはGBIF日本事務局を担っています。