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チュートリアルA  UCSCゲノムブラウザチュートリアル

UCSCゲノムブラウザlはゲノム解読がなされている 真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をデータベースとして公開している UCSCが進めているプロジェクトです。NCBI MapViewerのように ゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に、ホモロジー検索や 必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています。

UCSCゲノムブラウザでは、データの品質を高めるために人手を介する部分を極力減らす代わりに、 非常に多様な計算結果を提供しており、ユーザ側で複数のトラックを並べて表示したりしながら 情報の絞込みを行っていくような使い方に向いています。

用いているゲノム情報はNCBI, Ensemblと同じものですが、アノテーションされている情報は 独自に計算したものやNCBI, Ensemblの情報など多岐に渡っています。高速に自動アノテーションする ため、表示されている情報自身は新しいものが多くなっているのも一つの特徴です。

このチュートリアルでは、UCSCゲノムブラウザ（ヒトゲノム版）の使い方をGDNF遺伝子の探索を通して学びます。 用いている例はMapViewerミニコースに合わせてありますので、照らし合わせながら見ていくとNCBI MapViewerや Ensemblとの違いなどがよくわかると思います。

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