マルチモーダル統合バイオＤＢ（Multimodal BIODB)

代表研究者：　森下　真一　（東京大学大学院新領域創成科学研究科　教授）

①目的

近年、ＤＮＡ配列、組織別遺伝子発現量、バイオイメージ、パスウエイ、文献などの異なるタイプの生物データが急速に蓄積されてきています。膨大な情報量から目的の情報を抽出するには BLAST, クラスタリング、PubMed などのソフトウェアが欠かせません。しかしこれらのソフトウェアは配列・文献など単一のデータタイプを処理するために特化しています。しかし現実には単独のデータタイプだけが利用されることは少なく、異なるデータを組合せながら手作業で慎重に遺伝子情報を絞り込むことが普通です。マルチモーダル統合バイオＤＢでは、異なるデータタイプに対する問合せを容易にするシステムの実現を目指しています。

②研究概要

さまざまなデータタイプが蓄積されている出芽酵母を対象に、マルチモーダル問合せの萌芽的研究を試みてきました。私たちは、出芽酵母だけでなく、発生遺伝学のモデル生物であるメダカおよびショウジョウバエ、害虫研究のモデル生物であるカイコそして、ヒトへと広げました。また近年超高速DNAシークエンサーが普及し、未曾有の転写開始点情報、遺伝子発現情報、遺伝子多型等のマルチモーダルなデータが収集されました。この大量データを迅速に分析しマルチモーダル統合バイオDBに取り込むために、新しい解析アルゴリズム、超並列クラスター型計算機を利用した処理手法の研究開発にも取組んでいます。

③研究概要図

④成果

研究成果は７つのウェブサーバーから公開されており、毎月平均で約12,000の訪問者(Visits)により利用されています。研究論文はNature, Science, Genome Research, Proc Natl Acad Sci U S A., Nucleic Acids Research (Database Issue) 等の国際雑誌および国際会議ACM SIGMOD等で発表されています。超高速 DNAシークエンサーが出力するゲノムデータを分析したウェブサーバーを、ヒト、カイコ、ショウジョウバエを対象に構築し公開中です。

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（2010/05/07更新）