第Ⅱ期(平成18年度~22年度)

研究課題名 ホヤプロテイン統合データベースの構築
代表研究者
(氏名・所属)
稲葉 一男(筑波大学下田臨海実験センター 教授)
概要 ホヤにおけるポストゲノム研究の成果を集結したホヤプロテインデータベース及び新たな統合データベースの構築を行い、機能未知遺伝子/タンパク質の機能解明や、疾患遺伝子の機構解明への貢献を目指す。
関連リンク ホヤプロテイン統合データベース CIPRO(Ciona intestinalis Protein Database)[外部リンク]

研究課題名 ゲノムと環境の統合解析による生命システムの機能解読(KEGG)
代表研究者
(氏名・所属)
金久 實(京都大学化学研究所 教授 )
概要 生命システム情報統合データベースKEGGに、新たに生体外物質との関連情報を蓄積し、生命システムの機能を生体内だけでなく、環境との相互作用も含めて理解することを目指す。
関連リンク 生命システム情報統合データベース KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)[外部リンク]

研究課題名 バイオ基幹情報資源の高準化と共用化
代表研究者
(氏名・所属)
菅原 秀明(国立遺伝学研究所 教授)
概要 日本DNAデータバンクDDBJを中心に、バイオ基幹情報資源の高準化・共用化や、バイオロジー研究開発における方法・手段の表現方法及び情報技術系方法論の規格化を目指す。
関連リンク 日本DNAデータバンクDDBJ (DNA Data Bank of JAPAN)[外部リンク]

研究課題名 オントロジーによるパスウェイの高度化および国際標準化
(INOHパスウェイデータベース)
代表研究者
(氏名・所属)
高木 利久(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)
概要 シグナル伝達パスウェイデータベースINOHをより高次の生命現象まで扱えるように発展させる。さらに高い精度のパスウェイデータの抽出、オントロジーの拡充に取り組み、これら成果の国際標準への採用を目指す。
関連リンク パスウェイデータベースINOH (Integrating Network Objects with Hierarchies)[外部リンク]

研究課題名 蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化(PDBj)
代表研究者
(氏名・所属)
中村 春木(大阪大学蛋白質研究所 教授)
概要 蛋白質立体構造データベースPDBのデータ登録・編集技術の改良を行い、品質精査を伴う登録業務作業の更なる合理化・自動化を目指す。また、NMRデータ・電子顕微鏡画像等の新たなデータベースを構築する。
関連リンク 日本蛋白質構造データバンクPDBj (Protein Data Bank Japan)[外部リンク]

研究課題名 メタボロームMSスペクトル統合データベースの開発
(Metabolome-Mass Spectral Database)
代表研究者
(氏名・所属)
西岡 孝明(慶應義塾大学大学院 教授)
概要 二次代謝物質の質量、化学構造式、生物種等の収集データベースと、生体成分を各種質量分析計によって測定したMSスペクトルデータベースを統合し、ピーク同定に必要な化学構造(MS)n相関知識データベースの開発に取り組む。
関連リンク MassBank (High Resolution Mass Spectral Database)[外部リンク]
KNApSAcKデータベース[外部リンク]

研究課題名 マルチモーダル統合バイオDB(Multimodal BIODB)
代表研究者
(氏名・所属)
森下 真一(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)
概要 出芽酵母、メダカ、ヒトを主としたマルチモーダル統合バイオデータベースの開発に取り組み、蓄積データを有効に統合化出来るシステムの実現を目指す。
関連リンク めだかゲノム ブラウザー UTGB Medaka (University of Tokyo Genome Browser Medaka)[外部リンク]
ヒト遺伝子 転写開始地点 頻度情報解析サーバー 5'SAGE (5'end Serial Analysis of Gene Expression database)[外部リンク]
マルチプレックス ゲノミック PCR プライマ設計サイト PrimerStation[外部リンク]