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平成22年度ゲノムリテラシー講座

バイオインフォマティクスの基礎:トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析(2010年9月28日開催)
講師:油谷 幸代 (産業技術総合研究所)
講義名 概要 配付資料
トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門(講義1)[外部リンク] 現在、次世代シークエンサーの登場により、ポストゲノムに位置づけされるトランスクリプトーム解析やプロテオーム解析の重要性がさらに高まってきている。本講義では、過去に出題された問題を中心に、トランスクリプトーム・プロテオーム解析のインフォマティクス技術を適用した解析手法の理論的な部分を解説する。 講義資料1 (PDF;3818 KB)
トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門(講義2)[外部リンク] 講義資料2 (PDF;717 KB)
トランスクリプトーム解析基礎演習(講義3)[外部リンク] マイクロアレイデータを取り扱うトランスクリプトーム解析の主流として、クラスター解析とネットワーク解析がある。本実習では、ウェブツールを利用し、実際のマイクロアレイデータからクラスター解析とネットワーク解析を体験する。 講義資料3 (PDF;554 KB)

バイオインフォマティクスの基礎:パスウェイ解析・システム生物学(2010年9月7日開催)
講師:竹本 和広(JSTさきがけ)
講義名 概要 配付資料
パスウェイ解析・システム生物学入門(講義1)[外部リンク] 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の出題範囲から、「パスウェイ解析・システム生物学」 について、その基本的な概念を解説する。
生命現象は多様な生体分子の相互作用の結果として記述されると考えられる。この理解のためにはパスウェイ(ネットワーク)解析・システム生物学が有効であると期待される。「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の出題範囲から、それらの基本的な概念を解説する。講義は二部から構成され、前半では転写制御系や代謝経路などの細胞内ネットワークの概説を行い、ネットワーク解析の基礎を説明する。途中に簡単な解析の演習も行う。後半では、そのようなネットワークで記述されるようなシステムを理解するための数理的枠組みを説明する。具体的には反応速度論や転写制御や代謝のシミュレーションなどの基礎を取り上げる。
講義資料1 (PDF;3818 KB)
パスウェイ解析・システム生物学入門(講義2)[外部リンク] 講義資料2 (PDF;717 KB)
パスウェイ解析・システム生物学演習(講義3)[外部リンク] 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の出題範囲から、「パスウェイ解析・システム生物学」について、該当する問題に取り組む。 講義資料3 (PDF;554 KB)

平成21年度ゲノムリテラシー講座

バイオインフォマティクスの基礎:分子生物学データベース(2009年9月26日開催)
講師:村上 勝彦(社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム)
講義名 概要 配付資料
分子生物学データベース(講義1)[外部リンク] 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の出題範囲から、「分子生物学データベース」 について、その基本的な概念を解説する。特に、以下のデータベースについて、その利用方法、見方などを概説する。
【講義1】文献データベース(PubMed)、ゲノムデータベース、核酸配列データベース
【講義2】タンパク質配列データベース、タンパク質立体構造データベース、反応経路データベース、多型データベース、遺伝子発現データベース、オントロジー、その他データベース
講義資料1 (PDF;3327 KB)
分子生物学データベース(講義2)[外部リンク] 講義資料2 (PDF;4402 KB)
分子系統解析(講義3)[外部リンク] 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の出題範囲から、「配列解析」分子系統解析について、その基本的な概念を解説する。
また、CLUSTALW[外部リンク]Njplot[外部リンク]などのツールを用い、マルチプルアラインメント・分子系統樹作成の実習を行う。
講義資料3 (PDF;1548 KB)
サンプル配列(実習用) (PDF;5 KB)

バイオインフォマティクスの基礎:配列解析、タンパク質立体構造解析(2009年9月12日開催)
講師:川端 猛(奈良先端科学技術大学院大学)
講義名 概要 配付資料
配列解析基礎(講義1)[外部リンク] 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の出題範囲から、「配列解析」およびについて、その基本的な概念を解説する。特にペアワイズアライメント、マルチプルアライメント、相同性検索、位置特異的スコア行列、モチーフ解析などについて概説する。
【講義1】ペアワイズアライメント
【講義2】マルチプルアライメント、相同性検索、位置特異的スコア行列、モチーフ解析
講義資料1 (PDF;2241 KB)
配列解析基礎(講義2)[外部リンク]
タンパク質立体構造解析(講義3)[外部リンク] 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」の出題範囲から、「タンパク質立体構造解析」について、その基本的な概念を解説する。特に立体構造表現、立体構造比較、立体構造予測について概説する。 講義資料2 (PDF;6374 KB)

バイオインフォマティクスの基礎:生命科学一般(2009年8月29日開催)
講師:山口 由美(理化学研究所)
講義名 概要 配付資料
生命体の成り立ちと情報の流れ(講義1)[外部リンク] 生命科学は、私たち自身を理解することにつながり、大変興味深いものである。しかし一方で、分子レベルでの詳細を全て理解するのは困難かもしれない。現在では、様々な生物種のゲノム配列の全貌が明らかになり、生命科学の研究において情報解析の重要性が疑いのないものになった。今後より多くの方が生命情報科学に携わるには、幾つかの視点により生命科学の概観を掴むことが早道かもしれない。そこで本講義では、以下の視点より、生命体の成り立ち、そして遺伝情報と生命情報の流れに中心をおいて解説する。
【講義1】1)生命体を構成する細胞, 2)遺伝情報の継承
【講義2】3)遺伝情報からタンパク質へ, 4)生体内での情報の流れ, 5)ゲノムと遺伝子産物の解明と技術
講義資料1 (PDF;557 KB)
生命体の成り立ちと情報の流れ(講義2)[外部リンク]
ヒト遺伝子データベースの活用法(講義3)[外部リンク] 生命科学の研究において、バイオデータベースは調べ物をするときを含めて不可欠なもので、研究の能率化、加速化の助けとなっている。そこで、ヒトゲノムや遺伝子を基盤としたバイオデータベースとして、ヒト遺伝子アノテーションデータベースを中心に、目的や構築方法、そして利用法の例を紹介する。 講義資料2 (PDF;229 KB)
講義資料3 (PDF;3526 KB)

バイオインフォマティクスの基礎:情報学一般(2009年7月25日開催)
講師:加藤 毅(お茶の水女子大学)
講義名 概要 配付資料
バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説(講義1)[外部リンク] 「バイオインフォマティクス技術者認定試験」は,人材育成のために日本バイオインフォマティクス学会によって平成19年度より実施されています.この認定試験に合格するには,生物学と情報学の知識を必要とする.本講義では,過去に出題された情報学の問題を中心に試験合格に必要な知識を解説する.
講義1:確率・統計
講義2:機械学習、コンピュータシステム、アルゴリズム
講義3:コンピュータシステム、アルゴリズム
講義資料1 (PDF;623 KB)
講義資料2 (PDF;502 KB)
演習問題回答 (PDF;590 KB)
バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説(講義2)[外部リンク]
バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説(講義3)[外部リンク]