研究成果

原著論文等

2021

*Koga R, *Tanahashi M, Nikoh N, Hosokawa T, Meng XY, Moriyama M, Fukatsu T (2021) Host’s guardian protein counters degenerative symbiont evolution. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 (25): e2103957118. (* Equal contributions)

*Nishino T, *Hosokawa T, Meng XY, Koga R, Moriyama M, Fukatsu T (2021) Environmental acquisition of gut symbiotic bacteria in the saw-toothed stinkbug Megymenum gracilicorne (Hemiptera: Pentatomoidea: Dinidoridae). Zoological Science 38 (3): 213-222. (*Equal contributions)

Kiefer JST, Batsukh S, Bauer E, Hirota B, Weiss B, Wierz JC, Fukatsu T, Kaltenpoth M, Engl T (2021) Inhibition of a nutritional endosymbiont by glyphosate abolishes mutualistic benefit on cuticle synthesis in Oryzaephilus surinamensis. Communications Biology 4: 554.

Fukatsu T (2021) The long and winding road for symbiont and yolk protein to host oocyte. mBio 12(1): e02997-20.

Nishide Y, Kageyama D, Tanaka Y, Yokoi K, Jouraku A, Futahashi R, Fukatsu T (2021)
Effectiveness of orally-delivered double-stranded RNA on gene silencing in the stinkbug Plautia stali. PLoS One 16(1): e0245081.

2020

Maeda T, Iwasawa J, Kotani H, Sakata N, Kawada M, Horinouchi T, Sakai A, Tanabe K, Furusawa C (2020) High-throughput laboratory evolution reveals evolutionary constraints in Escherichia coli. Nature Communications 11: 5970.

Hirota B, Meng XY, Fukatsu T (2020) Bacteriome-associated endosymbiotic bacteria of Nosodendron tree sap beetles (Coleoptera: Nosodendridae). Frontiers in Microbiology 11: 588841.

Nikoh N., Tsuchida T., Koga R., Oshima K., Hattori M., Fukatsu T (2020) Genome analysis of "Candidatus Regiella insecticola" strain TUt, facultative bacterial symbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. Microbiology Resource Announcements 9: e00598-20.

Caballero-Flores G, Pickard JM, Fukuda S, Inohara N, Núñez G (2020) An enteric pathogen subverts colonization resistance by evading competition for amino acids in the gut. Cell Host & Microbe 28(4): 526-533.

Nakamura A, Yokoyama Y, Tanaka K, Benegiamo G, Hirayama A, Zhu Q, Kitamura N, Sugizaki T, Morimoto K, Itoh H, Fukuda S, Auwerx J, Tsubota K, Watanabe M (2020) Asperuloside improves obesity and type 2 diabetes through modulation of gut microbiota and metabolic signaling. iScience 23(9): 101522.

Mishima E, Ichijo M, Kawabe T, Kikuchi K, Akiyama Y, Toyohara T, Suzuki T, Suzuki C, Asao A, Ishii N, Fukuda S, Abe T (2020) Germ-free conditions modulate host purine metabolism, exacerbating adenine-induced kidney damage. Toxins 12(9): E547.

Yang J, Yang Y, Ishii M, Nagata M, Aw W, Obana N, Tomita M, Nomura N, Fukuda S (2020) Does the gut microbiota modulate host physiology through polymicrobial biofilms? Microbes and Environment 35(3): ME20037.

Salem H, Kirsch R, Pauchet Y, Berasategui A, Fukumori K, Moriyama M, Cripps M, Windsor D, Fukatsu T, Gerardo NM (2020) Symbiont digestive range reflects host plant breadth in herbivorous beetles. Current Biology 30(15): 2875-2886.

Toju H, Abe MS, Ishii C, Hori Y, Fujita H, Fukuda S (2020) Scoring species for synthetic community design: network analyses of functional core microbiomes. Frontiers in Microbiology 11: 1361.

Tsukimi T, Watabe T, Tanaka K, Sato MP, Suzuki H, Tomita M, Fukuda S (2020) Draft genome sequences of Bifidobacterium animalis consecutively isolated from healthy Japanese individuals. Journal of Genomics 8: 37-42.

Erawijantari PP, Mizutani S, Shiroma H, Shiba S, Nakajima T, Sakamoto T, Saito Y, Fukuda S, Yachida S, Yamada T (2020) Influence of gastrectomy for gastric cancer treatment on faecal microbiome and metabolome profiles. Gut 69(8): 1404-1415.

Jangid A, Fukuda S, Seki M, Horiuchi T, Suzuki Y, Taylor TD, Ohno H, Prakash T (2020) Association of colitis with gut-microbiota dysbiosis in clathrin adapter AP-1B knockout mice. PLoS One 15(3): e0228358.

Nagao-Kitamoto H, Leslie JL, Kitamoto S, Jin C, Thomsson KA, Gillilland MG 3rd, Kuffa P, Goto Y, Jenq RR, Ishii C, Hirayama A, Seekatz AM, Martens EC, Eaton KA, Kao JY, Fukuda S, Higgins PDR, Karlsson NG, Young VB, Kamada N (2020) Interleukin-22-mediated host glycosylation prevents Clostridioides difficile infection by modulating the metabolic activity of the gut microbiota. Nature Medicine 26(4): 608–617.

Kitamoto S, Alteri CJ, Rodrigues M, Nagao-Kitamoto H, Sugihara K, Himpsl SD, Bazzi M, Miyoshi M, Nishioka T, Hayashi A, Morhardt TL, Kuffa P, Grasberger H, El-Zaatari M, Bishu S, Ishii C, Hirayama A, Eaton KA, Dogan B, Simpson KW, Inohara N, Mobley HLT, Kao JY, Fukuda S, Barnich N, Kamada N (2020) Dietary L-serine confers a competitive fitness advantage to Enterobacteriaceae in the inflamed gut. Nature Microbiology 5(1): 116–125.

2019

Yang J, Tsukimi T, Yoshikawa M, Suzuki K, Takeda T, Tomita M, Fukuda S (2019) Cutibacterium acnes (Propionibacterium acnes) 16S rRNA genotyping of microbial samples from possessions contributes to owner identification. mSystems 4(6): e00594-19.

英文総説・著書等

2020

Anbutsu H, Fukatsu T (2020) Symbiosis for insect cuticle formation. In "Cellular Dialogues in the Holobiont" Edited by T. C. G. Bosch and M. G. Hadfield; Chapter 12, pp. 201-216, CRC Press, Boca Raton.

Horinouchi T, Furusawa C (2020) Understanding metabolic adaptation by using bacterial laboratory evolution and trans-omics analysis. Biophysical Reviews 12: 677-682.

Furusawa C, Irie N (2020) Toward understanding of evolutionary constraints: experimental and theoretical approaches. Biophysical Reviews 12: 1155–1161.

和文総説・解説等

2020

若本祐一(2020)ラマン分光を用いた細胞内の遺伝子発現の推定.実験医学増刊 「機械学習を生命科学に使う!」(小林徹也,杉村薫, 舟橋啓 編) 38(20): 3376-3383

古澤力, 前田智也, 芝井厚(2020)大腸菌進化実験の表現型・遺伝子型解析:微生物生態系進化の予測と制御へ向けて、実験医学38(18):3072-3077

福田真嗣(2020)なぜ腸内デザインに数理科学や群衆生態学が必要なのか? 実験医学38(18): 3038-3046

(書籍)
金子邦彦, 澤井哲, 高木拓明, 古澤力(2020)細胞の理論生物学: ダイナミクスの視点から, 東京大学出版会

プレス発表・報道等

2021

2021.06.14
古賀隆一研究総括補佐(兼)グループリーダーらが、以下のプレス発表を行いました。
産業技術総合研究所「母から子への共生細菌の伝達に必須な宿主タンパク質を発見-マルカメムシは命を削って子に共生細菌カプセルを受け渡す-」

2020

2020.11.24
プレス発表(理化学研究所 東京大学大学院理学系研究科 科学技術振興機構)
前田智也、古澤力(理化学研究所)、岩澤諄一郎(東京大学)
ロボットによる微生物の大規模進化実験―薬剤耐性進化を支配する拘束条件を発見―

アウトリーチ活動等

2021

2021.08.05
高校生のための日本進化学会東京大会プレ講座
「昆虫と微生物の共生進化」

2021.07.15
オンライン特別講義 東京都立小石川中等教育学校1~6年生
「共生が生物の進化と多様性にはたす役割」

2021.07.13
オンライン特別講義 東京都立青山高等学校3年生
「共生・進化・生物多様性」

2021.06.08
オンライン特別講義 東京都立青山高等学校1年生
「共生が生物の進化と多様性にはたす役割」

2021.05.14
オンライン特別講義 東京都立戸山高等学校1~2年生
「生物における共生と進化」

2021.03.15
オンライン特別講義 愛知県立岡崎北高等学校1年生
「共生の世界:生き物はひとりで生きているんじゃない」

2021.03.12
オンライン特別講義 京都府立洛北高等学校1年生
「共生・進化・生物多様性」

2020

2020.11.27
オンライン特別講義 京都府立洛北高等学校1年生
「昆虫と微生物の共生進化:生物多様性を支えるミクロの世界を覗く」

2020.11.22
サイエンスアゴラ2020 オンライン公開対談・パネルディスカッション
「共生するならどっち? ~微生物か、ロボットか~」

2020.11.12
オンライン特別講義 京都府立洛北高等学校3年生
「ともに生きる昆虫と微生物:その多様性と繁栄の秘密をさぐる」