組織図（2020年10月現在）
- *GL ：グループリーダー
- *SGL：サブグループリーダー
メンバー
- 研究総括
- 野村 暢彦 | 総括プロフィール
- 研究総括補佐
- 豊福 雅典
微生物間相互作用グループ
- GL
- 豊福 雅典
- SGL
- 橋本 義輝
- 研究員
- 徳納 吉秀
- 山本 達也
- 杉本 真也（東京慈恵会医科大学）
- 千葉 明生（東京慈恵会医科大学）
- 技術員
- 萩原 陽子
微生物・動植物相互作用グループ
- GL
- 別役 重之（龍谷大学）
- SGL
- 石賀 康博
- 研究員
- 寿崎 拓哉
- 兼森 芳紀
- 石賀 貴子
- 技術員
- 別役 恵理子（龍谷大学）
不均一性グループ
- GL
- 尾花 望（筑波大学 医学医療系）
- SGL
- 水口 千穂（東京大学）
- 宮崎 亮（産業技術総合研究所）
- 研究員
- 小杉 昭彦（国際農林水産業研究センター）
- Joydeep Chakraborty（東京大学）
- 安部 公博
- 川口 敦史（筑波大学 医学医療系）
- Wolter Laura
- 草田 裕之（産業技術総合研究所）
- 技術員
- 中山 裕子
- 大河内 香代（産業技術総合研究所）
デバイス開発・イメージンググループ
- GL
- Andrew S. Utada
- SGL
- 重藤 真介（関西学院大学）
- 田岡 東（金沢大学）
- 研究員
- 菊池 洋輔（金沢大学）
- Manoj Prasad
ゲノム生化学グループ
- GL
- 竹下 典男
- SGL
- 玉木 秀幸（産業技術総合研究所）
- 桝尾 俊介
- 研究員
- 高谷 直樹
- 山本 京祐（産業技術総合研究所）
- 技術員
- 原 英里（産業技術総合研究所）
シミュレーショングループ
- GL
- 八幡 穣
- 研究員
- 後藤 博正（筑波大学数理物質系）
- 技術員
- 廣木 亜由美
ヘッドクォーター
- 研究推進主任(技術系）
- 久能 樹
- 研究推進主任(事務系）
- 清水 勝彦
- 研究推進員
- 大久保 千春
- 鈴木 雅子
- 寺本 咲子
