本事業は、省庁間の調整に基づき、文部科学省が特に重要なものとして設定したフランスとの協力分野（「分子技術」）において共同研究を実施することにより、当該分野における日本とフランスの協力を強化し、世界的な研究成果や革新的な技術を創出し、国際共通的課題の解決や、両国の科学技術力の強化に資する成果を得ることを目的としています。
「分子技術」に関する共同研究の課題とします。
日本国内の大学や研究機関、企業などで研究に従事している研究者であることが必要です。日本とフランスにおいて進行中の研究が強化され、さらに付加的な価値が創出される共同研究を対象とします。
原則３年
１課題あたり、総額３千万円／３年間を上限とします（間接経費を含む）。
日本側は研究主幹およびアドバイザー、フランス側は外部専門家から構成される日仏合同評価委員会が共同で評価・協議を行い、採択課題を決定しました。
以下の基準を適用しました。