情報・システム研究機構 統計数理研究所,東京工業大学,東京大学,科学技術振興機構(JST)

令和4年11月9日

情報・システム研究機構 統計数理研究所
東京工業大学
東京大学
科学技術振興機構(JST)

全原子古典分子動力学法による高分子物性計算を全自動化する
ソフトウェアRadonPyをリリース

~高分子材料物性大地図の作成に向けた第一歩~

ポイント

材料データとデータ科学・計算科学を融合した材料研究の新しい形態“マテリアルズインフォマティクス”(Materials Informatics:以下、MIという。)が今大きな注目を集めています。MIでは、機械学習を適用して、データのパターンを読み解き、広大なデザインスペースから革新的な特性を持つ新材料とその作製方法を予測します。ここ数年間でMIの技術は材料研究のさまざまな領域に広まり、実際に多くの新材料が発見されてきました。しかし、高分子材料のMIの普及は、他の材料系に比べると大幅に遅れています。MIにおける最も重要な学術資源は言うまでもなくデータです。しかし、高分子物性のデータベースに関しては、物質・材料研究機構(以下、NIMSという。)が開発しているPoLyInfo注2)(論文などの実験値を網羅的に収集したデータベース)を除き、データ駆動型研究に資する体系的なオープンデータを創出しようという動きは極めて低調です。このままでは高分子材料のMIに携わる多くの研究者にとって、大学の研究室や一企業で生産可能なデータが標準になってしまう可能性があります。

このような現状を打破するために、統計数理研究所(以下、統数研という。)の林 慶浩 助教と吉田 亮 教授は、東京工業大学の森川 淳子 教授と東京大学の塩見 淳一郎 教授、NIMSのPoLyInfo開発チームの協力を得て、全原子古典分子動力学法(以下、MD計算あるいはMDシミュレーションという。)による高分子物性計算を全自動化するソフトウェアRadonPyを開発しました。高分子物性のMD計算は計算条件の設定により大きく揺らぎ、計算量も膨大であるため、自動計算による大規模データベースの構築は技術的に困難であると考えられてきました。RadonPyは、高分子材料の繰り返し単位(モノマー)の化学構造と重合度、温度などの計算条件を入力とし、アモルファスポリマーや高分子溶液などの系に対し、熱物性、機械特性、光学特性を含むさまざまな物性を自動計算します。今回リリースしたバージョンは、15種類の物性の自動計算機能を実装しています。RadonPyには、多数の煩雑な手続きからなるMD計算の全工程を自動化し、パイプラインを簡便に構築するための諸機能が実装されています。RadonPyの特色の1つは、さまざまな骨格の高分子材料に適用可能な検証済みパラメーターセットと計算条件(プリセット)を標準搭載していることです。プリセットの設定では、NIMSの協力を得てPoLyInfoの実験データをベンチマークとして使用しました。また、MD計算の物性値と複雑な現実系(実験値)の間のバイアスやばらつきを補正するために、転移学習という機械学習の解析技術を用いました。

同グループは、RadonPyを用いて10万種類以上の分子骨格を包含する高分子物性オープンデータベースを創出するプロジェクトを推進しています。現在、統数研に加えて3大学と19企業がプロジェクトに参画し、多くの研究者が産学の垣根を越えてRadonPyとデータベースの共同開発に取り組んでいます。この取り組みは文部科学省 「富岳」成果創出加速プログラムの支援を受け、参画者は、スーパーコンピューター「富岳」の計算資源を最大限に活用して日々膨大なデータを生産・蓄積しています。プロジェクトの目標は、高分子材料物性の大地図を作成することです。データを生産していく過程で、複数物性の同時分布や物性間のトレードオフが生み出すパレートフロンティア、さらにフロンティアを形成する新材料が明らかになっていきます。材料合成などの膨大なコストを伴う実験的アプローチのみでは、このような網羅的な観測は実現不可能です。世界最大級の2つの高分子物性データベース、PoLyInfoとRadonPyデータベースを統合的に活用することで、不確かで複雑な現実系と不完全な計算モデルの壁を乗り越えられるかもしれません。

本研究成果は 2022年11月8日(英国時間)に「npj Computational Materials誌(Nature Publishing Group)」にて発表されました。

注1)RadonPy:https://github.com/RadonPy/RadonPy

注2)PoLyInfo:https://polymer.nims.go.jp/

本研究は、文部科学省 「富岳」成果創出加速プログラム「データ駆動型高分子材料研究を変革するデータ基盤創出」(JPMXP1020210314) およびJST-CREST 研究課題「高分子の熱物性マテリアルズインフォマティクス」(JPMJCR19I3)の支援を受けて実施されました。また、本研究の一部は、スーパーコンピューター「富岳」の計算資源(課題番号:hp210264、hp210213)と自然科学研究機構 計算科学研究センターの計算資源(課題番号:21-IMS-C126、22-IMS-C125)の提供を受けて実施されました。

<プレスリリース資料>

<論文タイトル>

“RadonPy: automated physical property calculation using all-atom classical molecular dynamics simulations for polymer informatics”
DOI:10.1038/s41524-022-00906-4

<お問い合わせ先>

(英文)“Release of RadonPy: world’s first software that fully automates polymer physical property calculations using all-atom classical molecular dynamics simulations”

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