１．干潟・藻場の造成と高機能化
　浚渫土を利用して造成した人工干潟と英虞湾内の代表的な天然干潟の環境調査を行い、人工干潟の持つ自然浄化能力を定量的に評価し、人工干潟造成が新しい里海の創生技術として有効であることを実証する。また、潮止め堤防内の湿地において、ポンプにより干満に対応する海水交換を行うことによって、地質、水質、生物に関する調査を行い、干潟に再生するための技術開発を行う。

２．里海の物質循環
１）底質中のフミン物質の最適な分解手法を探索することで、英虞湾底質の特性解明を行う。また人工干潟と天然干潟の浄化能を比較検討することで、英虞湾全体の自然浄化機能の定量化を行う。また。干潟・藻場でのラビリンチュラの役割の定量的把握や現存量の把握、食物網を解析することで、干潟・藻場における物質循環の解明に繋げる。

２）英虞湾海域の負荷を軽減するため、アコヤガイの貝肉処理技術や洗浄排水処理技術を開発するとともに、アマモ等の未利用海草の有効利用を図ることで、藻場造成による海域浄化効果を確実にする。また、有機物分解技術の向上に役立つものとして中層海底の効果を確認する。さらに、養殖産業界で問題となった高水温期に斃死しないアコヤガイ系統を見つけ出し、環境負荷の軽減を図る。

３．英虞湾の環境動態予測
１）汚泥負荷推定モデル、降雨流出系モデルをＧＩＳモデルに組み込み、流入負荷計算プログラムを開発する。また、水質・底質及び流況の観測を実施し、環境動態予測モデルや物質循環モデルの改良、検証のためのデータ取得を行う。さらに、精度の高い環境流動シミュレーションの開発に繋げるため、鉛直拡散係数や海底の酸素消費速度、溶出速度を計測する。

２）流動シミュレーションを行い、３次元流動モデルを開発する。また、生態系シミュレーションプログラムを目指し、低次生態系モデル開発の海洋調査、底質モデル開発の海底物質循環調査、アコヤガイ成長モデル開発の代謝特性調査を実施し、それらをモデル統合する。

３）流動、水質、底質の３つの数値モデルを用いて、英虞湾の環境状態を再現し、予測する環境動態シミュレーションのシステムを作り上げる。また、英虞湾の炭素、酸素、窒素、リンに関する物質循環像と底質悪化の原因について明らかにする。また、赤潮などプランクトン発生状況をリアルタイムに取得できるモニタリングシステムの構築を目指す。