起業意欲のある若手研究者がＪＳＴ起業研究員として大学などに所属し、起業支援組織より施設の提供、市場調査の実施やビジネスプラン作成への指導・助言など、アントレプレナー（起業家）となるために必要な支援を受けつつ、自らが関与した研究成果を基に、ベンチャー企業の創出や事業展開に必要となる実用化のための研究開発を行います。若手研究者の起業家へのキャリアパス形成を促進することも目的としています。
なお、「大学など」とは、国立大学、公立大学、私立大学、大学共同利用機関、独立行政法人などをいいます。
図 事業の仕組み
＜応募の要件＞
ＪＳＴ起業研究員となる若手研究者（１人）、およびＪＳＴ起業研究員が所属する大学などの連名による応募であること。
応募時点で、ＪＳＴ起業研究員が関与したベンチャー企業の創出の核となる研究成果（特許権＝出願中を含む＝、著作権など）があり、本事業による研究成果の実用化に関して、これらを所有する大学などによる同意が得られていること。
の研究開発成果を利用した起業のための構想を有すること。
＜対象分野＞
原則として自然科学分野とします。なお、基礎研究段階の課題や創薬など、起業するまでに相当の年数と資金を要する分野については対象外とします。
＜研究開発費＞
１課題当たりの直接経費は平均年間１千万円程度を目途とします。
ＪＳＴ起業研究員の人件費（４５０万円程度）、研究開発費（３００万円程度）、起業支援組織の支援経費（１００万円未満）のほか、専任のリサーチアシスタントの人件費（１名分 ２００万円程度）を含みます。
＜研究開発期間＞
平成２１年度を初年度とする最長３年度とします。