図中、Aは複合体からリピドIVaを除いたMD-2の構造で、中央に深い大きなポケットがあります。分子の表面の疎水性が大きい部分を緑で、親水性の大きい部分を赤で表しています。ポケットが疎水性となっています。
　一方、Bは複合体の構造で、MD-2の表面を、正の電荷を帯びている部分を青で、負の電荷を帯びている部分を赤で表しています。ポケットには、ボールーステックで構造を表したリピドIVaが結合しています。脂肪酸鎖は疎水性なのでポケットの中に埋もれています。リピドIVaの2個の糖と負の電荷を帯びる2個のリン酸基は親水性で、ポケットの入口に結合しています。MD-2のポケットの入口は正の電荷を帯びていて、負の電荷のリン酸基を引き付けています。