結晶構造解析により、DsbBは四つの膜貫通αらせん (TM1 - TM4) からなる基本骨格を有しており、その中にユビキノンが結合していることがわかりました。この複合体に於いて、DsbAはDsbBの伸びたペリプラズムループ領域と相互作用して分子間でジスルフィド結合を形成しています。この特異的な分子間相互作用の結果DsbB内部にシステイン残基の再配置を伴う構造変化が起こり、DsbAに対する酸化能力が獲得されます（図３参照）。
　青丸の数字は、メチオニンマーキング法による構造決定において観測したセレン原子の異常散乱ピークの位置を表しています。