研究課題別中間評価結果(生命6)


1.研究課題名

 汎生物高速遺伝子同定法の開発と遺伝的背景を支配する遺伝子群への応用

2.研究代表者名

 林崎 良英 理化学研究所 主任研究員

3.研究概要

 あらゆる生命現象の本態解明を目指す基本戦略の最も重要な研究方法の一つとして、すべての遺伝情報の総体である全ゲノムをスコープにいれ、表現形質とその原因遺伝子を結び付けるための高速ゲノム解析技術をベースとした研究を総括的に行う必要がある。林崎らの研究室では、制限酵素の認識サイトをランドマークとし、ゲノム上の2000以上の座位を同時に検出するrestrictionlandmark genomic scanning(RlGS)法を開発し、それをベースとして任意の生物の任意の突然変異体の原因遺伝子を高速に単離することを目的とした第一世代のRLGSポジショナルクローニング法を確立してきた。本研究プロジェクトにおいては、新世代の高速ゲノム解析技術が不可欠であると判断し、高速に塩基配列を決定するシステム、高速にゲノムの多数の座位(転写単位)をスクリーニングし、標的の遺伝子を同定する技術開発を目標とし研究を進めてきた。また、標的遺伝子としては、医学の分野では、単一遺伝子によって発症する10大遺伝病の原因遺伝子は既に単離同定され、21世紀には成人病や癌にかかりやすさを支配する形質などの遺伝的背景をコントロールする遺伝子群を選んだ。本プロジェクトは理化学研究所のゲノムプロジェクトと共に、ラフマップまでをRLGS,cSNP,メチル化等のゲノムスキャニング法を用いて、これらの遺伝子に迫るものである。

4.中間評価結果
4-1. 研究の進捗状況と今後の見込み
 本研究の目的は、具体的には、1)高速シーケンスのシステム確立、2)大規模遺伝子エンサイクロペディアの作成(理研ゲノムとの共同)、3)転写単位マップ、発現マップの作成 、4)RLGS によるメチル化のスクリーニングを行い、動脈硬化、糖尿病、高血圧、などの成人病や癌にかかりやすさを支配する形質などの多因的な遺伝的背景をコントロールする遺伝子群を対象として研究することである。
 当初からの目標の一つであった超高速DNAシーケンサーはRISA-Ⅱによって完成した。この間のこのグループ内での協力体制は素晴らしいものであった。
4-2. 研究成果の現状と今後の見込み
 1998年11月にRISA-Ⅱ10台を製作し、大規模エンサイクロペディアの作製を進行中である。さらに、cDNAマイクロアレイの作成、遺伝子の探索に研究を進めている。
 RISA-Ⅱを用いたシーケンシングによる諸計画、特にマウスcDNAエンサイクロペディアの確立は時間の問題と思われる。
4-3. 総合的評価
 研究課題はかなり大規模なものであり、1.新しい高速シーケンス法の開発と、2.マウスcDNAエンサイクロペディアの作成に分かれる。1.においては、mRNAからの全長cDNAの作成、大量のプラスミドからの自動的DNA抽出法、RT-PCR及びそれに続く転写シーケンス法の確立と大量シーケンサーの製作を含むが、その技術的進歩は高く評価された。各要素技術は、島津製作所との共同により確立し(平成11年10月8日にRISA-384機として発表済)、一貫した操作も可能になったと判断される。この点、2月25日に実地調査を行い、大部分の査察評価者の了解が得られた。その結果の一部は平成11年1月12日と3月28日にインターネットで公開された。それぞれ20,597及び27,892種のcDNAである。これは10月8日には66,626種にも増加した。しかし、これは全長cDNAではないので当該技術の成果、特に2.へ向けての成果は全cDNAの発表を待って、初めて可能であろう。しかしこれも時間の問題であろうと考えられる。

This page updated on Feburary 3, 2000

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