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チュートリアルA  Ensemblチュートリアル

Ensemblはゲノム解読された 真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をデータベースとして公開している EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めているプロジェクトです。NCBI MapViewerのように ゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に、ホモロジー検索や 必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています。

Ensemblから提供されている情報は、ゲノムに関してはNCBI, UCSCゲノムブラウザと同じですが、 アノテーションに関してはEnsembl独自のパイプラインによって予測されているものが多いため、 NCBI Mapviewerなどと情報が多少異なります。この予測パイプラインでは、タンパク質コード遺伝子を できる限り精度よく予測することに注力しているため、その予測精度は高いとされていますが、 ゲノム決定後提供されるまでに比較的長い時間がかかり、その他のブラウザと比べてゲノムのバージョンが 古い場合が見受けられますので、注意する必要があります。

このチュートリアルでは、Ensembl（ヒトゲノム版）の使い方をGDNF遺伝子の探索を通して学びます。 用いている例はMapViewerミニコースに合わせてありますので、照らし合わせながら見ていくとNCBI MapViewerと Ensemblの違いなどがよくわかると思います。

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