「ゲノムリテラシー講座」 決定的ハプロタイプの概要とそのデータベースD-HaploDBの利用法

2006年8月25日(金) 決定的ハプロタイプ構造の概要と構造の意義
講師: 林 健志、宮武 克行、日笠 幸一郎
内容: ハプロタイプの概略と国際ハプマップ計画ではディプロイドのジェノタイピングデータを基にハプロタイプを推測する方法(推測的ハプロタイプ)の概要を紹介する。さらに、この推測の段階で生じる誤差が、後の様々な解析(関連解析等)に与える影響にふれる。そこで、今回我々が構築した決定的ハプロタイプを用いること、つまり胞状奇胎から得られた単一精子由来の染色体情報を元に構築した決定的ハプロタイプ構造の意義について講演する。決定的ハプロタイプを用いることでより正確な解析及び病因遺伝子の同定に繋がる可能性について示す。
参考文献:Kukita Y. et al. Genome Res. 15, 1511-1518 (2005)
(論文URL:http://www.genome.org/cgi/content/full/15/11/1511)
参加資格: ハプロタイプと関連解析について基礎的な知識を有する者。
WEBブラウザーが不自由なく使えること。

2006年8月25日(金) D-HaploDBの利用法・活用法
講師: 林 健志、宮武 克行、日笠 幸一郎
内容: D-HaploDB(Generic Genome Browser)を用いたHaplotype block、tagSNPの抽出、及び、活用法について簡単な実習を行う。
Kyushu University Definitive Haplotype Database (D-HaploDB) 
URL:http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp/
参加資格: ハプロタイプと関連解析について基礎的な知識を有する者。
WEBブラウザーが不自由なく使えること。