「ゲノムリテラシー講座」 タンパク質立体構造データベース PDBとBMRB

2005年11月15日(火) Protein Data BankとPDBj
講師: 伊藤暢聡
内容: 構造生物学の進展により、タンパク質などの生体高分子の立体構造が数多く決定されている。原子座標などの膨大な情報は、Protein Data Bank (PDB)が受け皿となり、世界中の研究者に配布されてきた。現在、PDBは日米欧の連携組織wwPDBにより運営されており、日本ではPDBjがその一員として活動している。wwPDBでは、新規構造の追加などアーカイブの管理だけではなく、新規フォーマットの開発などデータベースの向上にも取り組んでおり、講義ではwwPDBとPDBjのこうした活動について概説する。
参加資格: タンパク質や核酸など生体高分子の立体構造について基礎的な知識を有する者。

2005年11月15日(火) BMRBデータベースとBMRBデータを利用した応用研究の一例
講師: 中谷英一、松木陽
内容: 核磁気共鳴(NMR)解析法は、より生体環境に近い状態で蛋白質や核酸のNMR挙動を観測することができる。一般には化学シフトや緩和系のデータからペプチド主鎖の二面角や核間距離を見積もり、生体高分子の立体構造を決定する。「BMRB」はそのような研究から得られたNMRデータのデータベースである。今回はBMRBウェブサイトや登録データの処理、BMRBデータを応用した研究の一例について簡単に紹介したい。
参加資格: タンパク質や核酸など生体高分子の立体構造について基礎的な知識を有する者。

2005年11月15日(火) PDBjのウェブサービスの利用方法
講師: 伊藤暢聡
内容: PDBjでは、検索サービスxPSSSのほか、グラフィックビューアjVやSequence Navigatorなどのツールを開発している。演習では、こうしたツールを用いて、目的のタンパク質の構造を検索し、可視化することなどを行う。
参加資格: タンパク質や核酸など生体高分子の立体構造について基礎的な知識を有する者。