2004年12月3日(金) プロテオミクスにおける情報技術の原理と応用 | |
講師: | 谷口 寿章 |
内容: | タンパク質の大規模解析であるプロテオミクスは、質量分析で得られるタンパク質の構造情報を用い、ゲノム解析により得られたデータベース中を検索することでタンパク質を同定し、また翻訳後修飾などの詳細な構造情報を予測する技術が基盤となっている。実際の解析においては、細胞から抽出した試料を扱うWetな側面と、情報を扱うDryな側面の両方を取り扱う必要がある。本講義ではデータベース検索に用いられるアルゴリズムとその応用例、大量のデータを処理するための支援システムなど、プロテオミクス解析の様々な局面における情報処理について述べる。 |
参加資格: | 特になし |
2004年12月3日(金) プロテオームデータの更なる活用 - ゲノム配列へのマッピング - | |
講師: | 石野 洋子 |
内容: | 通常のプロテオーム解析では、質量分析で得られるペプチドの部分配列情報を用い、タンパク質アミノ酸配列のDBに対して検索を行うことで、試料中のタンパク質の同定を行っている。しかし、この方法には、DB上の遺伝子の配列やアノテーションに間違いがある場合に同定精度が落ちたり、また、まだアノテーションされていない新規の遺伝子は発見できないなどの不十分な面がある。そこで、本講義では、実験で得られたプロテオームデータを用いて、直接ゲノムDNAの塩基配列DBに対して確率統計的な検索を行い、その結果をゲノム配列上にマップする解析法について述べる。この方法により、配列やアノテーションの間違いを検出し、新規遺伝子を予測することが可能になる。 |
参加資格: | 特になし |
2004年12月3日(金) プロテオミクスにおけるデータベース検索と情報処理 | |
講師: | 谷口寿章、石野洋子、岡田ひとみ、橋本志穂 |
内容: | 質量分析により得られたタンパク質の構造情報を用いたタンパク質同定法と、機能解明のための様々な公共データベースの利用法、大規模解析で生じる膨大なデータの処理など、プロテオミクス解析における様々な情報処理技術を実習する。 |
参加資格: | 特になし |