「ゲノムリテラシー講座」 ゲノムアノテーション -データベースとツールの活用-

2004年8月24日(火) ゲノムデータ活用の基礎知識
講師: 平川 美夏
内容: 今や200種に迫る生物のゲノムの解析がほぼ完成し、様々なデータベースを通じて利用することができる。本講義では、代表的なゲノムデータベースを紹介し、ヒトを中心とした真核生物のゲノムデータの内容や獲得方法について解説する。遺伝子機能の情報源として、GO (gene ontology) を例にとり、情報の知織化の試みについて触れ、宝の山ともいわれるゲノムの活用方法をデータ作成、利用、双方の立場から考える。ゲノムデータについて、どこから手に入れるのか、なにが書いてあるのか、自分の研究へ利用できるのか、このような受講者の疑問にもお答えしていきたい。
※紹介する主なデータソース:Ensembl / ensmart, Entrez Gene, GO (Gene ontology) など
参加資格: 特にありません。

2004年8月24日(火) KEGG DASとKEGG APIで繋がるゲノムアノテーションとパスウェイ
講師: 片山 俊明
内容: KEGGでは、ゲノムの決まった約200生物種について、遺伝子とパスウェイのデータベースを整備している。これらのデータはウェブブラウザを通じて閲覧可能であるが、コンピュータプログラムから自動的にこれらのデータを取得するために、ゲノムの配列やアノテーション情報を抽出するKEGG DASや、遺伝子のオーソログ関係やパスウェイの情報を抽出するKEGG APIといったサービスが提供されている。本実習ではウェブを使ってKEGGの検索を体験し、同様の情報をRuby言語(BioRuby)を用いてプログラムから自動的に取得する解析パイプラインの作成を通じて、ゲノムアノテーション情報の活用方法を解説する予定である。
参加資格: Unixの使用経験があり、エディタでテキスト作成ができること。