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データベース・解析ツールの提供
1、研究機関が提供するデータベース
バイオインフォマティクス推進センター事業の支援で作成されたデータベースや解析ツールを紹介しています。
- BMRB (BioMagResBank; 大阪大学蛋白質研究所) [外部リンク]
生体高分子のNMRデータのデータベース。 - CIPRO (ホヤプロテイン統合データベース)[外部リンク]
ホヤのタンパク質に関する様々な情報を提供。 - DBTBS(rel.5)(東京大学)[外部リンク]
枯草菌を中心とした転写情報のデータベース - DBTGR(ver.2.0)(東京大学)[外部リンク]
ホヤ等の被嚢類の転写因子とプロモーター情報のデータベース - DBTSS(Rel.7)(東京大学)[外部リンク]
各種生物の転写開始点と上流制御領域のデータベース - eF-site (electrostatic surface of Functional-site; 東京大学医科学研究所)[外部リンク]
タンパク質の分子表面に関するデータベースで、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノ リー表面と合わせて表示し、分子認識機構の分析に有用な情報を提供。 - eProtS (Encyclopedia of Protein St
ructures; 大阪大学蛋白質研究所) [外部リンク]
生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能に ついてわかりやすく解説。 - GBIF JAPAN (Global Biodivers
ity Information Facility in JAPAN; GBIF/JST)[外部リンク]
全世界の生物多様性に関するデータを各国で分散的に収集し、ネットワークを通じて利用することを 目的とした国際的な科学プロジェクト。
GBIF日本ポータルサイト - GTOP (Genomes
TO Protein structures and functions; 国立遺伝学研究所)[外部リンク]
ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベース。 - INOH (Integrating Network Objects with Hierarchies
; 東京大学/産業技術総合研究所)[外部リンク]
文献から人の手で抽出したパスウェイ情報を格納したデータベース。シグナル伝達する複数の生体分 子間の関係のような高次機能情報をオントロジーを使ってデータベース化している。 - KEGG-BRITE (京都大学化学研究所)
[外部リンク]
生体系の様々な側面に関する知識を階層的に分類したデータベース。 - MassBank (慶應義塾大学)[外部リンク]
代謝物質を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。 - Melina II (東京大学)[外部リンク]
頻出モチーフ抽出支援ツールの改良版 - PDBj (Protein Data Bank Japan; 大阪大
学蛋白質研究所)[外部リンク]
米国RCSBおよび欧州EBIと協力して、生体高分子の立体構造データベースを国際的に統一化されたア ーカイブとして運営するとともに、様々な解析ツールを提供。 - Promode (早
稲田大学)[外部リンク]
基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めたデータベース 。 - SCMD (Saccharomyces Cerevisiae
Morphological Database; 東京大学大学院新領域創成科学研究科)[外部リンク]
出芽酵母の突然変異体の顕微鏡写真を集めたデータベース。 - タンパク質化合物相互作用予測
システム COPICAT (COmprehensive Predictor of Interactions between Chemical compounds And
Target
proteins; 慶應義塾大学)[外部リンク]
タンパク質アミノ酸配列の部分配列の頻度情報および化合物構造における部分パスの頻度情報を組み 合わせて多次元ベクトル化し、SVMを用いてそれらの相互作用を網羅的に予測するシステム。 - タンパク質
-リガンド結合状態/非結合状態ペアデータベース(東京大学)[外部リンク]
タンパク質の単体構造からリガンド結合状態の構造を結合しているリガンドとともに網羅的に検索可 能。 - 糖鎖結合
タンパク質予測システム(東京大学)[外部リンク]
与えられたタンパク質が糖鎖と結合するかどうかを予測するプログラム。タンパク質のアミノ酸配列 のみからSVMを使って予測する。 - GPIアンカー
型タンパク質予測システム(東京大学)[外部リンク]
与えられたタンパク質が翻訳後脂質修飾の一種であるGPIアンカー型であるかどうかを予測するプロ グラム。タンパク質のアミノ酸配列のみからSVMを使って予測する。 - GenLibi(遺伝子文献情報連携システム)[外部リンク]
JST文献情報から得られる遺伝子機能や関連する疾患/表現型を提供するためのシステム - MDeR(ライフサイエンス分野のメタデータ要素レポジトリ)[外部リンク]
メタデータ要素の検索、検索結果の比較、収録メタデータのメタデータ要素の一覧表示を行うことができる - HOWDY (ヒトゲノム情報統合データベース; JST)[外部リンク]
ヒトのゲノム情報および遺伝子について、複数のデータベースを一度に検索できるシステムを提供。 - JSNP (日本人一塩基多型デー タベース; 東京大学医科学研究所/JST) [外部リンク]
日本人のSNPデータのデータベース。 - WINGpro(データベースポータルサ
イト)[外部リンク]
医学生物関連データベース専門の探索・活用サイト。 - ゲノム解析ツールリンク集 (JST)[外部リンク]
分子生物学に関わるデータ解析ツールを集めたリンク集。
2、JSTが提供するサービス
科学技術振興機構が参画している統合データベースプロジェクトに関連のウェブサイトやポータルサイト、ポータルを紹介しています。