無作為に100アミノ酸をつなぎあわせたタンパク質の混合物（約103000種類）から望みの機能を持ったものを選び出すことは非効率な方法です。そこで、既知の三次構造を利用してコンピューターにより分子をデザインする Structure-based design の手法により『活性中心のおおまかなかたち』を設計したのち、機能性ドメイン（人工リセプターおよび人工酵素の元）の一部を多様化させた分子種（ライブラリー）の中から目的の機能をもった分子を選び出すコンビナトリアルな手法を組み合わせる方法が人工酵素を作る上で有効であると考えられます。したがって、人工酵素をつくるための第一段階として、酵素の活性部位をはじめとする既知のタンパク質や核酸の立体構造をもとにし、安定な三次元構造を形成する新しい活性中心の前駆体を持った機能性ドメインのデザインが重要になります。