*研究成果　＜課題別＞*

	オミクス解析用超微小エレクトロスプレー法の開発
石濱　泰

著者・発表者	石濱泰
表題	Development of proteomics technologies to open the new phases of biological applications
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	谷内江望, 斎藤輪太郎, 杉山直幸, 冨田勝, 石濱泰
表題	マルチオミクスデータマイニングからみえるタンパク質リン酸化と複合体形成のマクロスコピックな関係性
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	岩崎未央, 三輪昌平, 冨田勝, 田中信男, 石濱泰
表題	Development of nanoLC-MS systems for membrane proteome analysis
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	増田豪,　冨田勝, 石濱泰
表題	細胞間接着形成過程におけるリン酸化プロテオミクス
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	阿久澤毅史, 杉山直幸, 今見考志, 今村春菜, 冨田勝, 石濱泰
表題	リン酸化プロテオミクスから得られるタンパク質リン酸化情報のネットワーク解析
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	今村春菜, 谷内江望, 斎藤輪太郎, 石濱泰, 冨田勝
表題	リン酸化の活性動態データを用いたシグナル伝達経路予測法
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	杉山直幸, 京野完, 今見考志, 阿久澤毅史、大沼澄子、塚原麻伊, 冨田勝,石濱泰
表題	定量的リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	今見考志、杉山直幸、京野完、冨田勝、石濱泰
表題	定量的リン酸化プロテオミクスを用いたラパチニブのin vivo薬効評価
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	京野完、杉山直幸、五十嵐康行、冨田勝、石濱泰
表題	ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィー（HAMMOC法）による高性能リン酸化プロテオミクスの確立
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	中東憲治、石濱泰、本間雅之、高井幸、冨田勝
表題	Comprehensive analysis of protein turnover in aerobic and anaerobic continuous culture of E. coli
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	梅澤泰史、杉山直幸、溝口昌秀、林晋平、明賀史純、篠崎和子、石濱泰、平山隆志、篠崎一雄
表題	Protein Phosphatases 2C Directly Regulate Abscisic Acid-Activated Protein Kinases in Arabidopsis
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	Mohamed Helmy、冨田勝、石濱泰
表題	MSRI: Novel proteogenomic approaches to maximize the utilization of MS/MS data for genome reannotation
発表先	第32回日本分子生物学会年会

著者・発表者	京野完、杉山直幸、石濱泰
表題	翻訳後修飾プロテオミクスの最前線
発表先	細胞工学別冊「明日を拓く新次元プロテオミクス」

著者・発表者	石濱泰
表題	高性能プロテオミクスによるタンパク質リン酸化の大規模解析
発表先	「統合脳」プロテオミクス組織委員会・大阪大学蛋白質研究所共催「プロテオミクス・構造生物学講演会」

著者・発表者	三輪昌平, 田窪宏貴, 牧野聡, 岩崎未央, 石濱泰, 池上亨, 田中信男
表題	超高理論段数モノリスシリカキャピラリーカラムの調製と生体成分分析への応用に関する研究
発表先	第20回クロマトグラフィー科学会議

著者・発表者	岩崎未央, 三輪昌平, 冨田勝, 田中信男, 石濱泰
表題	大腸菌全プロテオーム解析へ向けたnanoLC-MS/MSシステムの開発
発表先	第20回クロマトグラフィー科学会議

著者・発表者	岩崎未央, 三輪昌平, 冨田勝, 田中信男, 石濱泰
表題	プロテオーム一斉解析のためのショットガンプロテオミクス測定システムの構築
発表先	第29回キャピラリー電気泳動シンポジウム

著者・発表者	服部成介; 石濱泰
表題	プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク
発表先	実験医学10月号、羊土社: 東京, 2009.

著者・発表者	石濱泰
表題	リン酸化プロテオミクスの高性能化とシグナル伝達研究への応用
発表先	第82回日本生化学会大会

著者・発表者	谷内江望、斎藤輪太郎、杉山直幸、菅原潤一、冨田勝、石濱泰
表題	大規模データマイニングから見えるリン酸化プロテオームの全貌
発表先	第82回日本生化学会大会

著者・発表者	中神弘史、杉山直幸、Daudi Arsalan、石濱泰、白須賢
表題	イネとシロイヌナズナにおける比較リン酸化プロテオミクス
発表先	第82回日本生化学会大会

著者・発表者	杉山直幸、今村春菜、横田耕一、冨田勝、石濱泰
表題	リン酸化プロテオミクスを用いたキナーゼ基質の大規模解析
発表先	第82回日本生化学会大会

著者・発表者	杉山直幸石濱泰
表題	リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価
発表先	実験医学10月号「プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク」

著者・発表者	Taishi Umezawa, Naoyuki Sugiyama, Masahide Mizoguchi, Shimpei Hayashi, Fumiyoshi Myouga, Kazuko Yamaguchi-Shinozaki, Yasushi Ishihama, Takashi Hirayama, and Kazuo Shinozaki
表題	Type 2C Protein Phosphatases Directly Regulate Abscisic Acid-Activated Protein Kinases in Arabidopsis
発表先	Proc. Nat. Acad. Sci. USA.

著者・発表者	T. Masuda, N. Saito, M. Tomita, and Y. Ishihama
表題	Unbiased quantitation of Escherichia coli membrane proteome using phase-transfer surfactants
発表先	Mol Cell Proteomics, 2009, 10.1074/mcp.M900240-MCP200

著者・発表者	石濱泰
表題	リン酸化プロテオーム解析の最前線
発表先	日本生化学会近畿支部第１５回支部シンポジウム「質量分析が拓く生命科学の世界」

著者・発表者	Ravichandran A., Sugiyama, N., Tomita, M., Swarup, S., Ishihama, Y.
表題	Phosphoproteome Analysis of Pathogenic and Non-Pathogenic Pseudomonas Species
発表先	HUPO 8th Annual World Congress

著者・発表者	Y. Ishihama, T. Masuda, M. Iwasaki, M. Tomita
表題	Unbiased Quantitation of Membrane Proteome Using Phase-Transfer Surfactants
発表先	HUPO 8th Annual World Congress

著者・発表者	N. Sugiyama, Y. Kyono, K. Imami, S. Ohnuma, M. tsukahara, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Evaluation of Kinase Inhibitors by Phosphoproteomics-based Phosphorylation Profiling
発表先	HUPO 8th Annual World Congress

著者・発表者	石濱泰
表題	高性能リン酸化プロテオーム解析法の開発と創薬への展開.
発表先	第22回バイオメディカル分析科学シンポジウム

著者・発表者	中神弘史, 杉山直幸, 持田恵一, ダウデアルサラーン, 冨田勝, 石濱泰, 白須賢
表題	植物におけるリン酸化プロテオームの大規模な比較解析.
発表先	日本ヒトプロテオーム機構第7回大会

著者・発表者	増田豪, 冨田勝, 石濱泰
表題	細胞間接着形成過程におけるリン酸化プロテオーム解析
発表先	日本ヒトプロテオーム機構第7回大会

著者・発表者	石濱泰, 増田豪, 岩崎未央, 冨田勝
表題	相関移動溶解法を用いた定量的膜プロテオーム解析法の開発
発表先	日本ヒトプロテオーム機構第7回大会

著者・発表者	杉山直幸, 大沼澄子, 塚原麻伊, 冨田勝, 石濱泰
表題	MS/MSスペクトルにおける修飾部位特異的イオンの組み合わせに基づくリン酸化部位決定法の開発.
発表先	日本ヒトプロテオーム機構第7回大会

著者・発表者	京野完, 杉山直幸, 冨田勝, 石濱泰
表題	ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィー(HAMMOC)における多重リン酸化ペプチドの選択的溶出法
発表先	日本ヒトプロテオーム機構第7回大会

著者・発表者	今見考志, 杉山直幸, 京野完, 冨田勝, 石濱泰
表題	二重標識SILAC法による乳癌細胞のシグナル伝達ネットワークの定量的リン酸化プロテオミクス
発表先	日本ヒトプロテオーム機構第7回大会

著者・発表者	増田豪, 石濱泰
表題	ショットガンプロテオミクスによる膜タンパク質の網羅的解析のための試料調製法
発表先	J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 57 145-151 (2009).

著者・発表者	石濱泰
表題	高性能化リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達研究
発表先	第1回公開シンポジウム翻訳後修飾プロテオミクス医療研究拠点の形成「分析技術の発達により見えてきた蛋白質の翻訳後修飾とその異常」

著者・発表者	Y. Ishihama
表題	Exploring Signaling Proteome by High Performance Phosphoproteomics
発表先	2009 TPS International Proteomics Conference and 5th AOHUPO MPI Workshop

著者・発表者	A. Nock, J.M. Ascano, T. Jones, M.J. Barrero, N. Sugiyama, M. Tomita, Y. Ishihama, S. Malik,
表題	Identification of DNA-dependent Protein Kinase as a Cofactor for the Forkhead Transcription Factor FoxA2
発表先	J Biol Chem 284 19915-26 (2009).

著者・発表者	石濱泰
表題	タンパク質リン酸化大規模解析に基づくシグナル伝達プロテオミクス
発表先	第5回日本臨床プロテオーム研究会

著者・発表者	増田　豪、岩崎未央、冨田　勝、○石濱　泰
表題	ショットガンプロテオミクスによる膜タンパク質の網羅的解析
発表先	第57回質量分析総合討論会

著者・発表者	石濱泰
表題	高性能リン酸化プロテオミクスによるシグナル伝達ネットワーク解析の新展開
発表先	第9回日本蛋白質科学会年会

著者・発表者	京野完, 杉山直幸, 冨田勝, 石濱泰
表題	タンパク質リン酸化大規模解析のためのリン酸化ペプチド濃縮法の比較.
発表先	第5回日本臨床プロテオーム研究会

著者・発表者	京野完, 杉山直幸, 冨田勝, 石濱泰
表題	ヒドロキシ酸修飾酸化金属クロマトグラフィーにおける多重リン酸化ペプチドの選択的溶出法の検討.
発表先	第57回質量分析総合討論会

著者・発表者	A. Ravichandran, N. Sugiyama, M. Tomita, S. Swarup, Y. Ishihama
表題	Ser/Thr/Tyr phosphoproteome analysis of pathogenic and non-pathogenic Pseudomonas species
発表先	Proteomics 9 2764-75 (2009)

著者・発表者	M. Iwasaki, T. Masuda, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Chemical Cleavage-Assisted Tryptic Digestion for Membrane Proteome Analysis
発表先	"J Proteome Res 8 3169-3175 (2009). "

著者・発表者	N. Yachie, R. Saito, J. Sugahara, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	In silico analysis of phosphoproteome data suggests a rich-get-richer process of phosphosite accumulation over evolution.
発表先	Mol Cell Proteomics 8 1061-71 (2009)

著者・発表者	Ishihama, Y.; Masuda, T.; Iwasaki, M.; Tomita, M.
表題	Unbiased Quantitation of Membrane Proteome Using Phase-Transfer Surfactants
発表先	HUPO 8th Annual World Congress　Toronto, Canada, Sep 26 - 30; Toronto, Canada, 2009.

著者・発表者	Koshi Imami1, Naoyuki Sugiyama1, Masaru Tomita1, Yasushi Ishihama*1,2
表題	Quantitative Proteome and Phosphoproteome Analyses of Cultured Cells Based on SILAC Labeling without Requirement of Serum Dialysis
発表先	Molecular BioSystems

著者・発表者	Kosaku Shinoda1,2, Masaru Tomita1,2 and Yasushi Ishihama2,3,*
表題	emPAI Calc -- for the estimation of protein abundance from large-scale identification data by liquid chromatography-tandem mass spectrometry
発表先	Bioinformatics

著者・発表者	増田豪、石濱泰
表題	ショットガンプロテオミクスによる膜タンパク質の網羅的解析のための試料調製法
発表先	J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 2009, 57, 145-151.

著者・発表者	中神弘史, 杉山直幸, 石濱泰
表題	・植物リン酸化プロテオーム解析の最前線", 蛋白質核酸酵素「植物におけるシグナル研究の新展開」
発表先	共立出版, 東京, 2009, 印刷中.

著者・発表者	・杉山直幸, 石濱泰
表題	リン酸化プロテオーム解析による分子標的薬評価", 実験医学「プロテオミクスが解き明かす情報伝達ネットワーク」
発表先	羊土社, 東京, 2009, Vol. 27, pp. 2552-57.

著者・発表者	京野完, 杉山直幸, 石濱泰
表題	翻訳後修飾プロテオミクスの最前線, 細胞工学別冊「明日を拓く新次元プロテオミクス」
発表先	学研メディカル秀潤社, 東京, 2009, pp. 41-50.

著者・発表者	石濱泰,
表題	プロテオミクスにおけるナノLC-MSシステム
発表先	Chromatography 2008, 29, 25-31.

著者・発表者	石濱泰
表題	細胞内シグナル伝達システムにおける分子挙動
発表先	Journal of the Japan Society of Mechanical Engineers 2008, 111, 578-81.

著者・発表者	石濱泰
表題	プロテオーム解析用固相抽出ミニカラムStageTipの開発
発表先	BUNSEKI KAGAKU 2008, 57, 1011-18.

著者・発表者	石濱泰
表題	メタボロミクス、プロテオミクスのためのナノLC-MSシステム
発表先	メタボロミクスの先端技術と応用, 福崎英一郎編, シーエムシー出版, 東京, 2008, pp. 23-31.

著者・発表者	・ K. Shinoda, M. Sugimoto, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Informatics for peptide retention properties in proteomic LC-MS.
発表先	Proteomics 2008, 8, 787-98.

著者・発表者	石濱泰、杉山直幸
表題	シグナル伝達プロテオームの最前線.
発表先	Pharma VISION NEWS 2008, 12, 29-34.

著者・発表者	石濱泰
表題	プロテオミクス解析用ナノ液体クロマトグラフィー質量分析システム
発表先	J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 2007, 55, 157-164.

著者・発表者	石濱泰
表題	プロテオミクスにおけるナノLC-MSシステム
発表先	Chromatography 2008, 29, 25-31.

著者・発表者	・ Y. Ishihama, T. Masuda, M. Iwasaki, M. Tomita,
表題	Unbiased Quantitation of Membrane Proteome Using Phase-Transfer Surfactants.
発表先	HUPO 8th Annual World Congress　 (2009).

著者・発表者	・ K. Imami, N. Sugiyama, Y. Kyono, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Phosphoproteome Analysis for Breast Cancer Cells by Two-Dimensional Nano-LC-MS using a Calcined Titania/C18 Biphasic Column.
発表先	22nd International Symposium on Microscale Bioseparations & Methods f

著者・発表者	・ Y. Ishihama
表題	Global Protein Phosphorylation Profiling by High Performance Phosphoproteomics Approaches.
発表先	Department Seminar 2008 (Department of Biological Sciences, National University of Singapore) (2008).

著者・発表者	阿久澤毅史, 今見考志, 杉山直幸, 京野完, 冨田勝, 石濱泰,
表題	定量的リン酸化プロテオミクスを用いたPC12細胞のEGFおよびNGF刺激におけるリン酸化動態解析
発表先	第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会 (2008).

著者・発表者	中村浩之, 谷内江望, 斎藤輪太郎, 今見考志, 石濱泰, 冨田勝
表題	インタラクトーム統合解析ソフトウェアeXpanda
発表先	第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会 (2008).

著者・発表者	中東憲治, 石濱泰, 冨田勝
表題	網羅的プロテインターンオーバー解析
発表先	第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会 (2007).

著者・発表者	石濱泰,
表題	酸化金属クロマトグラフィーによるリン酸化プロテオーム解析法の開発とその応用
発表先	第5回日本ヒトプロテオーム学会　 (2007).

著者・発表者	石濱泰
表題	プロテオーム解析用固相抽出ミニカラムStageTipの開発
発表先	BUNSEKI KAGAKU 57 1011-18 (2008)

著者・発表者	K. Miyamoto, T. Hara, H. Kobayashi, H. Morisaka, D. Tokuda, K. Horie, K. Koduki, S. Makino, O. Nunez, C. Yang, T. Kawabe, T. Ikegami, H. Takubo, Y. Ishihama, N. Tanaka
表題	High-efficiency liquid chromatographic separation utilizing long monolithic silica capillary columns.
発表先	Anal Chem 80 8741-50 (2008)

著者・発表者	Y. Kyono, N. Sugiyama, K. Imami, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Successive and selective release of phosphorylated peptides captured by hydroxy acid-modified metal oxide chromatography.
発表先	J Proteome Res 7 4585-93 (2008)

著者・発表者	N. Sugiyama, H. Nakagami, K. Mochida, A. Daudi, M. Tomita, K. Shirasu, Y. Ishihama
表題	Large-scale phosphorylation mapping reveals the extent of tyrosine phosphorylation in Arabidopsis.
発表先	Mol Syst Biol 4 193 (2008)

著者・発表者	K. Shinoda, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Aligning LC peaks by converting gradient retention times to retention index of peptides in proteomic experiments.
発表先	Bioinformatics 24 1590-5 (2008)

著者・発表者	石濱泰
表題	プロテオミクスにおけるナノLC-MSシステム
発表先	Chromatography 29 25-31 (2008)

著者・発表者	・ Y. Ishihama, T. Masuda, M. Iwasaki, M. Tomita,
表題	Unbiased Quantitation of Membrane Proteome Using Phase-Transfer Surfactants.
発表先	HUPO 8th Annual World Congress　 (2009).

著者・発表者	・ K. Imami, N. Sugiyama, Y. Kyono, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Phosphoproteome Analysis for Breast Cancer Cells by Two-Dimensional Nano-LC-MS using a Calcined Titania/C18 Biphasic Column.
発表先	22nd International Symposium on Microscale Bioseparations & Methods f

著者・発表者	・ Y. Ishihama
表題	Global Protein Phosphorylation Profiling by High Performance Phosphoproteomics Approaches.
発表先	Department Seminar 2008 (Department of Biological Sciences, National University of Singapore) (2008).

著者・発表者	阿久澤毅史, 今見考志, 杉山直幸, 京野完, 冨田勝, 石濱泰,
表題	定量的リン酸化プロテオミクスを用いたPC12細胞のEGFおよびNGF刺激におけるリン酸化動態解析
発表先	第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会 (2008).

著者・発表者	中村浩之, 谷内江望, 斎藤輪太郎, 今見考志, 石濱泰, 冨田勝
表題	インタラクトーム統合解析ソフトウェアeXpanda
発表先	第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会 (2008).

著者・発表者	中東憲治, 石濱泰, 冨田勝
表題	網羅的プロテインターンオーバー解析
発表先	第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会 (2007).

著者・発表者	石濱泰,
表題	酸化金属クロマトグラフィーによるリン酸化プロテオーム解析法の開発とその応用
発表先	第5回日本ヒトプロテオーム学会　 (2007).

著者・発表者	Y. Ishihama, T. Schmidt, J. Rappsilber, M. Mann, F. U. Hartl, M. J. Kerner, D. Frishman
表題	Protein abundance profiling of the Escherichia coli cytosol
発表先	BMC Genomics, 9, 102 (2008).

著者・発表者	K. Shinoda, M. Sugimoto, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Informatics for peptide retention properties in proteomic LC-MS
発表先	Proteomics,8,787-798 (2008).

著者・発表者	Y. Ishihama
表題	Signaling Proteome of Breast Cancer by High-Accuracy Mass Spectrometry
発表先	4th annual conference of the Organisation for Oncology and Translational Research

著者・発表者	T. Masuda, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Phase Transfer Surfactant-Aided Trypsin Digestion for Membrane
発表先	J. Proteome Res., 7, 731-740 (2008).

著者・発表者	K. IMAMI, N. SUGIYAMA, Y. KYONO, M. TOMITA, Y. ISHIHAMA
表題	Automated Phosphoproteome Analysis for Cultured Cancer Cells by Two-Dimensional NanoLC-MS Using a Calcined Titania/C18 Biphasic Column
発表先	Anal. Sci., 24, 161-166 (2008)

著者・発表者	M. Hashimoto, Y. Ishihama, M. Tomita, T. Soga
表題	Microelectrospray Interface with Coaxial Sheath Flow for High Resolution CE-MS Separation
発表先	Rapid Commun. Mass Spectrom., 21, 3579-3584 (2007)

著者・発表者	M.R. Monton, M. Tomita, T. Soga, and Y. Ishihama
表題	Polymer Entrapment in Polymerized Silicate for Preparing Highly Stable Capillary Coatings for CE and CE-MS
発表先	Anal. Chem., 79, 7838-7844 (2007).

著者・発表者	Y. Kotake, K. Sagane, T. Owa, Y. Mimori-Kiyosue, H. Shimizu, M. Uesugi, Y. Ishihama, M. Iwata, and Y. Mizui
表題	Splicing factor SF3b as a target of the antitumor natural product pladienolide
発表先	Nat. Chem. Biol., 3, 570-575 (2007)

著者・発表者	J. Rappsilber, M. Mann, and Y. Ishihama
表題	Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using StageTips
発表先	Nat. Protoc., 2, 1896-906 (2007)

著者・発表者	Y. Kotake, K. Sagane, T. Owa, Y. Mimori-Kiyosue, H. Shimizu, M. Uesugi, Y. Ishihama, M. Iwata, and Y. Mizui
表題	Splicing factor SF3b as a target of the antitumor natural product pladienolide
発表先	Nat. Chem. Biol., 3, 570-575 (2007)

著者・発表者	Y. Ishihama
表題	プロテオミクス解析用ナノ液体クロマトグラフィー質量分析システムOptimization of Nano-Liquid Chromatography Coupled with Mass Spectrometry for Proteomics
発表先	J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 55, 157-164 (2007)

著者・発表者	N. Sugiyama, T. Masuda, K. Shinoda, A. Nakamura, M. Tomita, Y. Ishihama
表題	Phosphopeptide Enrichment by Aliphatic Hydroxy Acid-Modified Metal Oxide Chromatography for NanoLC-MS/MS in Proteomics Applications
発表先	Mol. Cell. Proteomics, 2007 Feb 23; [Epub ahead of print]

著者・発表者	Y. Ishihama, FY, Wei, K. Aoshima, T. Sato, J. Kuromitsu, Y. Oda
表題	Enhancement of the efficiency of phosphoproteomic identification by removing phosphates after phosphopeptide enrichment.
発表先	J. Proteome Res., 6, 1139-44 (2007)

著者・発表者	H. Saito, Y. Oda, T. Sato, J. Kuromitsu, Y. Ishihama
表題	Multiplexed Two-Dimensional Liquid Chromatography for MALDI and Nanoelectrospray Ionization Mass Spectrometry
発表先	J. Proteome Res., 5, 1803-7 (2006)

著者・発表者	Y. Ishihama, J. Rappsilber, and M. Mann
表題	Modular Stop and Go Extraction Tips with Stacked Disks for Parallel and Multidimensional Peptide Fractionation in Proteomics
発表先	J. Proteome Res., 5, 988-94 (2006)

著者・発表者	Y. Ishihama, Y. Oda, T. Tabata, T. Sato, T. Nagasu, J. Rappsilber, and M. Mann
表題	Exponentially Modified Protein Abundance Index (emPAI) for Estimation of Absolute Protein Amount in Proteomics by the Number of Sequenced Peptides per Protein
発表先	Mol. Cell. Proteomics, 4, 1265-1272 (2005).

著者・発表者	M. Kokubu, Y. Ishihama, T. Sato, T. Nagasu, and Y. Oda
表題	Specificity of immobilized metal affinity-based IMAC/C18 tip enrichment of phosphopeptides for protein phosphorylation analysis
発表先	Anal. Chem., 77, 5144-54 (2005)

著者・発表者	M. J. Kerner, D. J. Naylor, Y. Ishihama, T. Maier, H. C. Chang, A. P. Stines, C. Georgopoulos, D. Frishman, M. Hayer-Hartl, M. Mann, and F. U. Hartl.(* shared first authors)
表題	roteome-wide analysis of chaperonin-dependent protein folding in Escherichia coli
発表先	Cell, 122, 209-20 (2005)

著者・発表者	Y. Ishihama, T. Sato, T. Tabata, N. Miyamoto, K. Sagane, T. Nagasu, and Y. Oda
表題	Quantitative mouse brain proteomics using culture-derived isotope tags as internal standards
発表先	Nature Biotechnol., 23, 617-21（2005）