戦略的創造研究推進事業「生体分子の形と機能」研究領域（研究総括：郷　信広）の木下賢吾研究者のさきがけ研究でのテーマの中心となる方法である、タンパク質分子表面の形状と物性に着目した構造からの機能予測法の方法の論文がProtein Science誌に掲載されました。（Kinoshita, K. & Nakamura, H. (2003). Identification of protein biochemical functions by similarity search using the molecular surface database eF-site. Protein Sci 12, 1589-95.）。また、前後して関連論文2報が掲載されました。

　タンパク質の立体構造からの機能予測は従来、似たフォールド（折りたたみ構造）を持つタンパク質を見つけることによりなされることが多かった。しかし、近年このアプローチの限界が指摘されはじめていました。これに対して木下賢吾研究者は、機能部位の分子表面の形状と物性の類似性に着目することにより、フォールドが似ていないにもかかわらず似た機能部位をもつタンパク質を見出し、機能を推定する方法の開発に成功した。この方法の有効性は、同じ号に、この方法を実際に機能未知タンパク質に応用した実験家との共同研究でも見て取れる（Handa et al, Protein Science, 12, 1621-1632, 2004）。これらの研究の進捗が評価され、構造生物学の分野で非常にインパクトの高いレビュー誌Current Opinion Structural Biologyに最近の構造からの機能予測法に関するレビューの執筆を依頼された（Kinoshita, K. & Nakamura, H. (2003). Protein informatics towards function identification. Curr Opin Struct Biol 13, 396-400.）