上田チーム　　研究成果

(47) 2012 Hiraiwa, T., Baba, A., and Shibata, T. Theoretical model for cell migration with internal polarity, shape deformation, and gradient sensing. Physical Review Letters, under revision.

(46) 2012 Baba, A., Hiraiwa, T., and Shibata, T. Directional sensing of deformed cells under faint gradients. Physical Review Letters, under revision.

(45) 2012 Matsuoka, S., Shibata, T., and Ueda, M. Asymmetric PTEN distribution regulated by spatial heterogeneity in membrane-binding state transitions. PLoS Computational Biology, under revision.

(44) 2012 Shibata, T., Nishikawa, M., Matsuoka, S., and Ueda, M. (2012). Modeling the self-organized phosphatidylinositol lipids signaling system in chemotactic cells based on quantitative image analysis”. J. Cell Sci., in press.

(43) 2012 Namba, T., Nishikawa, M., and Shibata, T. (2012). The relation of signal transduction to the sensitivity and dynamic range of bacterial chemotaxis. Biophys. J., in press.

(42) 2012 Takahashi, M., Shibata, T., Yanagida, T., and Sako, Y. (2012). A protein switch with tunable steepness reconstructed in Escherichia coli cells with eukaryotic signaling proteins. Biochem. Biophys. Res. Commun., 421, 731-735.

(41) 2012 Tsujioka, M. Yumura, S., Inouye, K., Patel, H., Ueda, M., and Yonemura, S. (2012). Talin couples the actomyosin cortex to the plasma membrane during rear retraction and cytokinesis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 109, 12992-12997.

(40) 2012 Ochiai, H., Sakamoto, N., Fujita, K., Nishikawa, M., Suzuki, K., Matsuura, S., Miyamoto, T., Sakuma, T., Shibata, T., and Yamamoto, T. (2012). Zinc-finger nuclease-mediated targeted insertion of reporter genes for quantitative imaging of gene expression in sea urchin embryos. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 109, 10915-10920.

(39) 2012 Nishimura, S. I., Ueda, M., and Sasai, M. (2012). Non-Brownian dynamics and strategy of amoeboid cell locomotion. Phys Rev E, 85, 041909.

(38) 2011年 Kobayashi Y., Shibata T., Kuramoto Y., and Mikhailov, A.S., “Robust network clocks: Design of genetic oscillators as a complex combinatorial optimization problem”. Phys Rev E 83:060901，2011 (DOI: 10.1103/PhysRevE.83.060901)

(37) 2011年 Ooyama S. and Shibata T., “Hierarchical organization of noise generates spontaneous signal in Paramecium cell, J. Theor. Biol. 283, 1?9, 2011 (DOI: 10.1016/j.jtbi.2011.05.016)

(36)2011年Takagi, H., Morimatsu, M., and Sako, Y., “Static and dynamic disorder in in vitro reconstituted receptor/adaptor interaction,” Advances in Chemical Physics on Single Molecule Biophysics: Experiments and Theories, in press (2011).

(35)2011年Takagi, H., and Nishikawa, M., “Mechanochemical coupling revealed by the fluctuation analysis of different bio-molecular motors,” Advances in Chemical Physics on Single Molecule Biophysics: Experiments and Theories, in press (2011).

(34)2010年Shibata, T., “Noisy signal transduction in cellular systems,” In Cell Signaling Reactions: Single-Molecule Kinetic Analysis. (eds. Y. Sako and M. Ueda). Springer-Verlag. in press (2010).

(33)2010年Miyanaga, Y., and Ueda, M., “Single-molecule kinetic analysis of stochastic signal transduction mediated by G-protein coupled chemoattractant receptors,” In Cell Signaling Reactions: Single-Molecule Kinetic Analysis. (eds. Y. Sako and M. Ueda). Springer-Verlag. in press (2010).

(32)2010年Matsuoka, S., “Statistical analysis of lateral diffusion and reaction kinetics of single molecules on membranes of living cells,” In Cell Signaling Reactions: Single-Molecule Kinetic Analysis. (eds. Y. Sako and M. Ueda). Springer-Verlag. in press (2010).

(31)2010年 Ochiai, H., Fujita, K., Suzuki, K., Nishikawa, M., Shibata, T., Sakamoto, N., and Yamamoto, T., “Targeted mutagenesis in the sea urchin embryo using zinc-finger nucleases.” Genes Cell, 15,875-885 (2010).

(30)2010年Arai, Y., Shibata, T., Matsuoka, S., Sato, M. J., Yanagida, T., and Ueda, M., “Self-organization of the phosphatidylinositol lipids signaling for random cell migration. ” Proc. Natl. Acad. Sci. USA.,107, 12399-12404 (2010).

(29)2010年 Nishikawa, M., and Shibata, T., “Nonadaptive fluctuation in an adaptive sensory system:Bacterial chemoreceptor. ” PLoS ONE, 5, e11224 (2010).

(28) 2010年 Matsuoka, S., Shibata, T. and Ueda, M. (2009). "Statistical analysis of lateral diffusion and multi-state kinetics in single-molecule imaging." Biophys. J. 97: 1115-1124

(27) 2009年1月22日招待講演：柴田達夫（2009）、"１細胞の自己組織化現象を蛍光イメージデータの時系列解析と数理モデルによって解明する"、京都駅前セミナー、非線形現象の数理を考える、2009年1月22日、キャンパスプラザ京都、京都

(26) 2009年1月12-14日招待講演： Shibata, T. (2009), “Self-organisation in chemotactic signaling for spontaneous cell migration of Eucaryotic cells“, The 3rd International Workshop on Systems Radiation Biology,12-14 January, 2009 Rovaniemi, Finland

(26) 2009年1月5-9日招待講演：柴田達夫（2009）、"シグナル伝達と符号?暗号"、「離散力学系の分子細胞生物学への応用数理」、２００９年１月５日（月）〜９日（金） 、京都大学数理解析研究所、京都

(25) 2009年上田昌宏 (2009). “粘菌の走化性情報処理の仕組みを１分子計測で探る”,『ゲノム時代のモデル生物 (仮) 』,（株式会社 化学同人）, in press.

(24) 2009年上田昌宏 (2009). “確率的シグナル伝達反応の細胞内１分子蛍光イメージング解析”, バイオインダストリー,（株式会社 シーエムシー出版）, Vol 26, No2, pp39-46.

(23) 2009年 新井由之, 松岡里実, 上田昌宏 (2009). “走化性情報処理反応の細胞内自己組織化とゆらぎ”,『自己組織化ハンドブック』第８節３項３.１, 分担執筆,（株式会社 エヌ・ティー・エス）in press.

(22) 2009年Sato, M. J., Kuwayama, H., van Egmond, W. N., Takayama, A. L. K., Takagi, H., van Haastert, P. J. M., Yanagida, T., and Ueda, M. (2009). "Switching direction in electric-signal induced cell migration by cGMP and phosphatidylinositol signaling." Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106:6667-6672.

(21) 2008年12月22日招待講演：柴田達夫 (2008), “分子スケールから細胞スケールまで、数理諸学と生物学の統合科学としての生命システム科学への挑戦” INSAMシンポジウム, 数理シミュレーション科学プロジェクト研究センター, 広島大学, 広島.

(20) 2008年12月9-14日招待講演： “細胞における確率的情報処理の１分子イメージング解析”, 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会 (BMB2008), シンポジウム『生命システムの階層間をまたぐイメージング技術』, 神戸国際展示場, 神戸.

(19) 2008年12月7-9日招待講演：Takagi, H. (2008), "From fluctuation to function - an approach to molecular & cellular dynamics -", The IPR seminar on New Approaches to Complexity of Protein Dynamics by Single Molecule Measurements: Experiments and Theories,Osaka University.

(18) 2008年12月3-5日招待講演： “走化性応答における確率的シグナル処理”, 第４６回日本生物物理学会年会・シンポジウム『機能性膜タンパク質系１分子計測最前線』, 福岡国際会議場, 福岡.

(17) 2008年12月4-6日招待講演：Shibata, T. (2008), “Self-organization in chemotactic signaling for spontaneous cell migration of Eukaryotic cells” Integrating Physics, Chemistry, Mathematics and Biology to understand living systems (IPCMB 2008) , Bose Institute, Kolkata, India.

(16) 2008年9月2-3日招待講演：柴田達夫, “細胞スケールの自己組織化現象　イメージ・データ解析と数理モデル”, 細胞・発生生物学研究への数理科学的アプローチ, 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター, 神戸.

(15) 2008年6月29-7月1日柴田達夫, “走化性情報処理のゆらぎと協同性”, 第60回日本細胞生物学会大会, パシフィコ横浜、横浜.

(14) 2008年6月9-10日招待講演： Shibata, T. , “Self-organization in chemotactic signal transduction of eukaryotic cell” International Workshop on Bio-Soft Matter, 東京大学小柴ホール、東京

(13) 2009年Miyanaga, Y., Matsuoka, S. and Ueda, M. (2009). Single-molecule imaging techniques to visualize chemotactic signaling events on the membrane of living Dictyostelium cells. In Chemotaxis, (eds. D. Hereld and T. Jin). Methods in Molecular Biology, 571,1417-35.2009

(12) 2008年Ueda, M., Shibata, T. and Sako, Y. (2008). Signal transduciton across the plasma membrane. In Single Molecule Dynamics in Life Science, (eds. T. Yanagida and Y. Ishii). WILEY-VCH Verelag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, pp. 99-116.

(11) 2008年 Shibata, T. and Ueda, M. (2008). Noise generation, amplification and propagation in chemotactic signaling systems of living cells. BioSystems, 93, 126-132.

(10) 2008年Ishihara, S. and Shibata, T. (2008). Mutual interaction in network motifs robustly sharpens gene expression in developmental processes, Journal of Theoretical Biology, 252, 131-144.

(9) 2008年Takagi, H., Sato, M. J., Yanagida, T. and Ueda, M. (2008). Functional analysis of spontaneous cell movement under different physiological conditions. PLoS ONE, 3, e2648.

(8) 2008年Nishimura, S. I., Ueda, M. and Sasai, M. (2009). Cortical factor feedback model for cell locomotion and cytofission. PLoS Computational Biology, 5,e1000310.

(7) 2008年Yumura, S., Ueda, M., Sako, Y., Kitanishi-Yumura, T. and Yanagida, T. (2008). Multiple mechanisms for accumulation of myosin II filaments at the equator during cytokinesis. Traffic, 9, 2089-2099.

(6) 2008年Nishikawa, M., Takagi, H., Shibata, T. Iwane, A. H. and Yanagida, T. (2008). Fluctuation analysis of mechanochemical coupling depending on the type of biomolecular motors. Physical Review Letter, 101, 128103.

(5) 2008年2月2-6日Satomi Matsuoka, Toshio Yanagida and Masahiro Ueda (2008) “Dynamic regulation of PI(3,4,5)P3 phosphatase activity of PTEN on membranes revealed by single-molecule imaging”, Biophysical Society 52nd Annual Meeting, Febrary 2-6, 2008, Long Beach, CA, USA.

(4) 2008年2月2-3日招待講演： 柴田達夫 “細胞内の確率的な情報処理”, 非線形数理東京フォーラム「人と自然の数理」,東京大学

(3) 2007年12月11-15日招待講演：上田昌宏 “Biologically-inspired stochastic computation for noise-robust information processing”, 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会ワークショップ『生物学はナノテクノロジーに何を貢献できるか？』, 横浜パシフィコ.

(2) 2007年11月5-7日招待講演：上田昌宏 “分子数ノイズと細胞応答”, 日本発生生物学会・秋季シンポジウム, 岡崎コンファレンスセンター.

(1) 2007年10月3-5日招待講演：柴田達夫“Stochastic signal processing in living cells” , 情報計算化学生物学会(CBI学会)2007年大会, 広島大学.