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大学や国公立研究機関等の研究成果（特許等）に基づく技術であり、起業により実用化しようとしているもののうち、起業化に向けての研究開発を必要とする課題を、研究開発責任者と起業化責任者の連名で募集する。研究開発責任者は、当該研究成果（特許等）の発明者であり、研究開発の推進に中心的な役割を、起業化責任者は、当該研究成果を利用した起業化構想を持ち、将来起業を目指して研究開発責任者と共同で起業化プランの具体化を目指す。応募課題は、学識経験者からなる評価委員会の書類選考、面接選考を経て、機構が選定する。
選定された課題については、提案者を中心とする数名の研究開発チームを組織し、３年を限度に、研究開発費２．４億円程度で研究開発を実施する。
研究開発は、機構の業務として推進される。研究開発の実施は、原則として、機構が提案者である研究開発責任者の所属する大学、国公立研究機関と共同研究等を行い、当該機関にある研究施設、設備等を利用しながら効率的な活動が進められるようにする。また、共同研究等が困難な場合は、必要に応じて所属試験研究機関外のレンタルラボ、リサーチパーク等に研究開発実施場所を設けることも可能である。
研究開発終了後は、提案者が研究開発の成果をもとに速やかに起業することを期待している。
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