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データベース / バイオサイエンスデータベースセンター

散在するデータベースを、まとめて、使い易く

NBDCロゴマーク共有と統合を通じて生命科学データの価値を最大化

 生命科学データベースの統合を実現するため、研究開発とサービス提供を行っています。それにより生命科学分野の研究データを中心とした研究成果を、研究者、開発者、技術者に広く共有し、研究開発の活性化を目指します。これらの推進は、関係する府省と一丸となって取り組んでいます。研究成果が効果的に活用できる基盤を構築することにより、ライフイノベーション・グリーンイノベーションの実現を加速します。

NBDCの事業推進の構成
図:NBDCの事業推進の構成

NBDC事業の4つの柱

(1)戦略の立案:
データベースの整備・統合化の戦略企画や、データや技術のコーディネート、データベース統合化ガイドラインの策定、国内外との連携構築などを実施しています。
(2)ポータルサイトの構築・運用:
データベースに関連するサービス、研究開発プログラムの情報やセンターの活動を紹介するポータルサイトを構築・運用しています。
・カタログ:目的のDBを一覧から探せます
→データベース収録数:1,597件
・横断検索:さまざまなDBを一括で検索できます
→対象データベース数:612件
・アーカイブ:DBを丸ごとダウンロードできます
→公開データベース数:129件
・RDFポータル:様々な研究機関が作成した生命科学分野のRDF形式データを検索・ダウンロードできます
→公開データセット数:17件
・ヒトDB:個人情報の保護に配慮しつつ、ヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです
→公開データ数:53件
(数字はすべて2016年度末時点)
(3)データベース統合化基盤技術の開発:
セマンティックウェブ技術等によるデータベース統合化に必要な基盤技術の開発を行っています。多種多様なデータベースをRDF形式で提供するポータルサイトやRDF化支援ツールの提供、その他、エンドユーザ向けのデータベース利用技術の開発等を行っています。
(4)バイオ関連データベース統合化の推進
統合化推進プログラムのファンディングにより、分野ごとのデータベース統合化を推進しています。本プログラムでは、これまで20件の研究開発課題を支援してきており、2017年度は9件の研究開発課題の支援を実施しています。
PICK UP!!

jPOST | Japan Proteome Standard Repository/Database

プロテオーム統合データベースjPOSTを開発
~アジア・オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート~

統合化推進プログラムH27採択課題「プロテオーム統合データベースの構築」
石濱泰 京都大学大学院薬学研究科 教授

「発現しているすべてのタンパク質」を意味するプロテオームは、まさに生命活動を直接担っていることから、創薬分野を中心に大きな注目を集め、さまざまな大型研究が行われてきました。その成果として得られたプロテオーム測定データは、欧米を中心とした国際組織ProteomeXchangeコンソーシアム(PXC)が構築し、公開しているデータベースに蓄積されています。研究者は、プロテオームに関する研究成果を論文発表する際、本データベースに投稿する事が推奨されています。しかし、プロテオーム測定データは研究内容によっては容量が大変大きくなります。本データベースがインターネット上で公開されているとはいえ、サーバーの設置場所からの物理的距離の問題で、日本からこれらのデータベースに測定データを投稿し、あるいはダウンロードするのに1週間以上かかる場合もありました。また、これまで投稿された測定データは実験条件等が異なるために、横串的な解析が困難であることが問題となっていました。

jPOSTプロジェクトは、ライフサイエンスデータベース統合推進事業において生命科学系のデータベース統合化を推進する上で今まで抜け落ちていた、プロテオームのデータベースを開発しようとするもので、2015年4月より京都大学、熊本大学、九州大学、新潟大学、情報・システム研究機構の研究者が集い、開発を進めてきました。その結果、2016年5月2日にjPOSTが公開開始となり、7月6日にはアジア・オセアニア地域における初めてのPXC加盟プロテオームデータリポジトリとなりました。2016年12月までに160の研究プロジェクトから約2.3TBのデータを受け入れており、日本人研究者がプロテオーム測定データを投稿したりダウンロードしたりする際の効率の悪さが解消されました。

現在jPOSTプロジェクトでは、プロテオーム測定データ同士の横串的な解析を可能とするために、投稿された種々の測定データを再解析して標準化する、世界初となる機能を開発中です。

  • 図1 jPOSTの構成とデータの流れ
    図1 jPOSTの構成とデータの流れ
  • 図2 世界におけるjPOSTの位置づけ
    図2 世界におけるjPOSTの位置づけ
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