幹細胞操作技術開発領域では、21世紀の再生医療の大きな技術的基盤となることが期待されている幹細胞の操作技術を科学的な方法に則って、体系的に開発し、再生医療の可能性をさらに広げることを目的とした。ES細胞をはじめとする幹細胞は大きなポテンシャルを持っているが、免疫拒絶をはじめとする根本的な部分で未解決な問題が手つかずで山積しており、近い将来それらの解決の有無が再生医療実現のボトルネックになる可能性が高い。

本研究領域では、理化学研究所　発生・再生科学総合研究センター（以下、理研ＣＤＢ）の優れた研究環境を利用し、ここを中心に、細胞生物学、発生生物学、発生工学、幹細胞工学、ゲノム解析などの先端的研究を体系的に結びつけることにより、幹細胞の実体を解明するとともに、その画期的な操作法を開発することを目指した。