１．選考の観点

1. a.　戦略目標の達成に貢献するものであること。
2. b.　研究領域の趣旨に合致したものであること。
3. c.　提案者自身の着想であること。
4. d.　独創性を有していること。
5. e.　研究構想の実現に必要な手掛かりが得られていること。
6. f.　今後の科学技術に大きなインパクト（新技術の創出、重要問題の解決など）を与える可能性を有していること。
7. g.　研究が適切な実施規模であること。

大挑戦型では、以下を含めました。

1. h.　実現の可能性の観点からは明確な見通しが得難いが、成功した場合に飛躍的、画期的な成果が期待できること。

２．評価における利害関係者の不参加

ＪＳＴの規定に基づき、公正で透明な評価を行う観点から、研究提案者らに関して、下記に示す利害関係者は評価に加わらないようにしました。

1. a.　被評価者と親族関係にある者。
2. b.　被評価者と大学、国研などの研究機関において同一の学科や研究室など、または同一の企業に所属している者。
3. c.　緊密な共同研究を行う者。（例えば、共同プロジェクトの遂行、共著研究論文の執筆、同一目的の研究メンバー、あるいは被評価者の研究課題の中での研究分担者など、被評価者と実質的に同じ研究グループに属していると考えられる者）
4. d.　被評価者と密接な師弟関係あるいは直接的な雇用関係にある者。
5. e.　被評価者の研究課題と直接的な競争関係にある者。
6. f.　その他ＪＳＴが利害関係者と判断した場合。

加えて平成２１年度発足の研究領域に関しては、研究総括が研究提案者と下記の関係にあるとされる場合には、研究提案書を選考対象から除外しました。

1. a.　研究総括が研究提案者と親族関係にある場合。
2. b.　研究総括が研究提案者と大学、国研などの研究機関において同一の研究室などの最小単位組織に所属している場合。あるいは、同一の企業に所属している場合。
3. c.　現在、研究総括と研究提案者が緊密な共同研究を行っている場合。または過去５年以内に緊密な共同研究を行った場合。（例えば、共同プロジェクトの遂行、共著研究論文の執筆、同一目的の研究メンバー、あるいは研究課題の中での研究分担者など、研究総括と研究提案者が実質的に同じ研究グループに属していると考えられる場合）
4. d.　過去に通算１０年以上、研究総括と研究提案者が密接な師弟関係あるいは直接的な雇用関係にあった場合。“密接な師弟関係”とは、同一の研究室に在籍したことがある場合を対象とする。また所属は別であっても、研究総括が実質的に研究提案者の研究指導を行っていた期間も含む。

３．研究費の「不合理な重複」および「過度の集中」

研究費の「不合理な重複」ないし「過度の集中」にあたるかどうかも、選考の要素としました。