上図のAは図3の構造を40°回転させた方向から見たものです。ポケットの入り口にはリピドIVaの糖（NAG）、XP1とXP2のリン酸基はポケットの入り口のβ 鎖のβ6bとβ7に沿うように存在します。
　図中、BはAの結合部位を拡大したもので、ステレオ対として、リピドIVaの原子とMD-2の原子間の相互作用を示しています。赤が酸素、青が窒素、灰色が炭素（MD-2のものが薄い、リピドIVaのものが濃い灰色）、ピンクがリンの各原子です。結合している水分子の酸素原子（W1～W6）も赤で示しています。点線は水素結合です。アミノ酸残基を、1文字表記に番号を付して示してあります。