図１．オートファジーとユビキチン・プロテアソーム系の模式図

　オートファジーではまず細胞質の一部が隔離膜によって取り囲まれ、細胞の成分をそのまま含んだオートファゴソームが形成されます。次にオートファゴソームと分解酵素を含んだリソソームが融合することによってオートファゴソームの内容物が分解されます。この過程は原則として非選択的です。
　一方ユビキチン・プロテアソーム系では、まず分解するべきタンパク質にユビキチンという小さな標識が数珠状に結合します。このユビキチン鎖が目印となって、プロテアソームという分解酵素複合体によって分解されます。これは厳密な選択性をもった分解系です。