図１：　ＣＡＧリピートの折り畳み概念

折り畳みによって向かい合った、シトシン（Ｃ）とグアニン（Ｇ）のペアは安定な結合をするため、長いリピートほど折り畳まれやすくなる。逆に短いリピートは、折り畳まれた状態で安定しない。
赤い矢印は、アデニンとアデニンのミスマッチを表している。