実験や野外実習を取り入れた活動を通して、日本の学力テストでトップレベルにある秋田県の中学生に、地球環境および関連分野の基礎的な概念の獲得および探究に必要な問題解決能力を身につけさせる。これにより、地球環境に高い関心を持ち研究者を目指す生徒、地球環境にかかわる基礎的な科学概念を持った生徒、問題解決能力を持った生徒、グループで活動し、リーダーシップを備えた生徒を育成する。

県内の中学生を選抜し、持続可能な社会をキーワードに、科学を基盤とする未来を担う人材育成プログラムを開発する。実施における実験などは、大学・連携機関のリソースを単に体験させるのではなく、学校現場と協力し、履修プログラムの構築を行い、連続して履修することによる科学の力をつけることを目標とする。最終的に科学の甲子園ジュニアの全国大会・日本学生科学賞の全国大会発表・各科学グランプリ受験を目標とする。

生徒が自らの中にある科学に関する強い好奇心と、理数分野に関する学習意欲に気づき、自ら科学的な能力を成長させることを目的とし、２段階構成（ステップ２、３）の取り組みを提供する。「専門分野を知る」（ステップ２）では中学１・２年生向けに「数学と情報」、「物理と地学」、「化学と生物」の３分野の専門別コースを設け、講義・実習実験・研究基礎講習を行う。進級選抜を経て受講する「科学的探究活動の体験」（ステップ３）では中学２・３年生向けに個人単位のテーマ研究を実施する。受講生は本学の小学校５年生～中学１年生向けの「科学者の芽育成プログラム」（ステップ１）の修了生および教育委員会・学校による推薦者を対象として選抜する。

東京農工大学ではこれまで科学博物館にて小学校高学年、中学生を対象とした子供科学教室を昭和６３年より毎年６回ずつ開催してきた。こうした取り組みおよび大学教育加速プログラム（高大接続）と連携し、理数分野に関して高い意欲・能力を持つ中学生を発掘し、イノベーションの根幹となる質問力、気づきの精神を伸ばしていくための体系的育成プランの開発・実施を行う。気づきの精神を涵養するための講義、実験、アントレプレナー型自由研究課題の組み合わせにより、鋭く、独創的な生徒を育成する。

科学の全領域に幅広い知識・経験を持ち、科学にイノベーションを起こす、次世代の科学者のリーダーとなり得る人材の育成を目標とする。松山市教育委員会などの教育機関、化学メーカーなどの民間企業、大学などの研究機関の連携により、受講生は科学の本質に触れ、共同研究で切磋琢磨する。これにより、イノベーションを起こそうとし、またその価値を他者に伝播することができる人材を育成することを狙いとする。