別紙1 |
1. | 課題名 | ||||||||||||||||||||
アミノ酸変化を伴うDNA多型データベース (公開名:蛋白質多型データベース) (URL http://dbprop.nirs.go.jp/) | |||||||||||||||||||||
2. | 開発・運用責任者 | ||||||||||||||||||||
独立行政法人 放射線医学総合研究所 開発責任者 齋藤 俊行(遺伝子発現ネットワーク研究グループ チームリーダー) 運用責任者 齋藤 俊行(同上) | |||||||||||||||||||||
3. | 課題概要 | ||||||||||||||||||||
蛋白質多型データベースdbProPは、現在も蓄積が続く大量のヒト転写配列(mRNAおよびEST)のクラスタ化とアライメントから、アミノ酸変化SNPと蛋白質コード領域内に連結変化があるalternative splicing variant(ASV)を独自に推定し、さらに米国NCBI(National Center for Biotechnology Information)dbSNPデータからアミノ酸変化SNPを独自抽出し繰り込んでいる。 多型の検索は多様な条件で実行できるので、特定の遺伝子産物・特定の疾病・特定のゲノム領域など様々な検索要件をもつユーザに対応するデータベースとなっている。 また、多型推定のユーザ自身による妥当性評価用に、当該配列クラスタのアライメント状態提示が可能である。さらに多型が及ぼす蛋白質機能への影響評価のために、アミノ酸変化部位と蛋白質モチーフとの位置関係を模式的に提示する。 支援機能としてアミノ酸変化SNPの検出用PCRプライマーが、ゲノム上およびmRNA上に自動設計されてユーザへ提供され、ASV特異的な検出用プライマーも同様に自動設計される。ユーザ独自のパラメータを指定してプライマー設計を指示することもできる。これらwebアプリケーションとして提供される研究支援機能は、参照用データベースと同時に研究支援ツールとして使われることを想定した開発コンセプトに基づくものである。 <データ項目とデータ量>
(データ件数は平成16年4月現在) <開発期間> 平成12年4月~平成15年3月 | |||||||||||||||||||||
4. | アクセス状況 | ||||||||||||||||||||
公開時(平成15年4月)~平成16年3月 : 4,165件 | |||||||||||||||||||||
5. | 外部発表 | ||||||||||||||||||||
*開発中
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6. | 事後評価結果 | ||||||||||||||||||||
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7. | 総合評価 | ||||||||||||||||||||
当初の計画を超える数のSNPデータが収載されており、新たにASVデータも追加されるとともに検索ツールや研究支援ツールなども盛り込まれ、全体としては使いやすくなっている。データ更新頻度の高い分野であるので、データベースの鮮度を保つためには、予算・人員の制約もあろうが、処理の自動化を進めるなどして、より更新頻度を上げて運用されることを期待する。「転写配列のクラスタ解析からSNPを推定する」活動としては、米国の国立癌研究所にもその事例はあるが、本データベースはアミノ酸変化に特化したことで独自であり、独自のSNPを推定しており、研究者にとっては良い情報源となり得るデータベースが構築されたと評価できる。 疾患関連蛋白質解析やゲノム関連プロジェクトが多数進められており、潜在的利用者は多いと見込まれる。所内での遺伝子研究状況を研究所内外にさらにアピールするとともに、本データベースが広く活用されるように積極的な広報に務められたい。 |
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