オートファジーが誘導されると、細胞質に隔離膜とよばれるカップ状の脂質膜構造が出現します。これが細胞質成分やオルガネラ（細胞内小器官）などを取り込みながら伸展し、最終的に二枚の膜で囲まれたオートファゴソームが形成されます（図中では断面としてリング状に描いていますが、実際には球体です）。続いて、オートファゴソームの外側の膜が、リソソーム（動物細胞の場合）や液胞（植物や酵母細胞の場合）の膜と融合し、オートファゴソームの中身が内側の膜ごとリソソーム／液胞内の加水分解酵素群の作用で消化されます。特に、大きな液胞を持つ植物や酵母細胞の場合には、液胞内の加水分解酵素を不活化することにより、内側の膜で囲まれた球状構造を液胞内に蓄積させ、顕微鏡でこれを観察することが可能です。この構造体はオートファジックボディと呼ばれ、オートファゴソームが正常に形成されていることの指標になります（図３も参照）。