平成17年6月2日
独立行政法人理化学研究所
独立行政法人科学技術振興機構

DNAブック®のデータベース・検索閲覧システムを公開

−出版されたDNAブック®の6万5312のDNA情報などをデータベース化−
−インターネットを通じDNAブック®の内容が全て検索閲覧可能に−

 独立行政法人理化学研研究所(野依良治理事長)は、独立行政法人科学技術振興機構(JST,沖村憲樹理事長)プレベンチャー事業DNAブックチーム(林ア良英リーダー)の協力を得て、DNAブック®※1に関する様々な情報をデータベース化し、更にインターネットから内容の検索や閲覧ができるシステムを開発しました。これはゲノム科学総合研究センター(榊佳之センター長)遺伝子構造・機能研究グループ(林ア良英プロジェクトディレクター)の研究成果です。
 活用する情報は、マウスDNAブック®、シロイヌナズナDNAブック®など既に出版された"DNAブック®"に関する情報やページの情報、収録している6万5312種のDNAの情報をデータベース化しました。さらにシステムでは、検索閲覧機能を作成し、DNAブックに関する様々な情報や図を閲覧することや、DNAデータを名前や機能から検索して研究対象のDNAがDNAブックにあるかを調べることを可能にしました。主な特徴は次の通りです。
 1)DNAブックに関する各種情報のデータベース化
 2)内容の閲覧機能(画面)の作成
 3)対象DNAの検索機能の作成
 開発したシステムはホームページhttp://gerg03.gsc.riken.jp/DNABook_DB/ (図1)で6月3日から公開し、インターネットを通じて、潜在的ユーザーである一般研究者に遺伝子クローンがあるDNAブックの有無やクローン情報などが提供されます。DNAブックとそのデータベースがそろうことにより、さまざまな場面においてゲノム研究が推進されることが期待できます。尚、理研が最初に出版したマウスDNAブック®は理研ベンチャー・株式会社ダナフォームが販売中です。プレベンチャーではDNAブックの本格的な事業化(生産、販売)を目指した技術開発・市場調査を行なっており、潜在的ユーザーの反応を参考にします。

 ※DNAブック®は(株)ダナフォームの登録商標です。

1.システムの概要

 DNAサンプルを紙の上に貼り付け、書籍として移送、流通させることを可能にしたDNAブック®は、生物種ごとや遺伝子の分類ごとなどに作成されており、今後とも出版されていく予定です。それに伴い、それぞれのDNAブック®に収録されているDNAサンプルの生物学的情報や、DNAサンプルを実験で使用する場合の条件などの情報を取り出し、さらには利用者が興味あるDNAサンプルがどのDNAブック®に収録されているかを簡単に知ることが必要になります。
 DNAブック®データベース閲覧検索システムは、DNAブック®の様々な情報をデータベース化し、DNAブック®利用者が容易に使用できる検索インターフェースを提供するものです。実際のDNAブック®における各ページと対応する情報・図を閲覧可能にし、さらに必要な情報を調査する際には、外部のデータベースなどに移動することができるシステム(図2)です。

2.DNAブック®情報のデータベース化

 DNAブック®に関する様々な情報のデータベース化を実施しています。データベースには、実際のDNAブック®に関する情報(目次や、各ページの内容)をはじめ、収録されているDNAサンプルに関して各プロジェクト機関のデータベースから取得した情報が格納されています。現在の収録情報は、DNAブック®の種類が4冊、収録したDNA数が65,312個です。

 ■データベース化されたDNAブック®の情報一覧
 ・ DNAブック®の情報(出版日、ページ数、各項目の内容、イメージ図など)
 ・ シートページの情報(ページ説明、DNAサンプル数、イメージ図、DNA配置情報など)
 ・ DNAサンプルの情報(利用情報、品質情報、IDや名称・機能・配列情報など)
 ・ 各種画像データや、PDFデータ、外部データベースへのリンク情報

3.インターネットを通じた検索閲覧機能の作成

 DNAブック®利用者が、WEBブラウザを通して世界中からシステムを利用できるWEBシステムを作成しました。これにより、データベースに収録されている様々な情報を必要に応じて閲覧することができるほか、DNAサンプルの名前や機能情報等から検索することが可能です。更に、単なる情報閲覧にとどまらず、研究レベルでも活用できるように、実験利用情報や配列情報などを提供しており、マウスFANTOMデータベース等の外部データベースへもアクセスすることができます。

 ■ DNAブック®の内容検索
 ・ 検索機能(BOOK名、DNAサンプルのIDや名称、機能情報など)
 ・ DNAに関連する各種情報閲覧機能(図3)

用語説明
■図1 DNAブック®データベース・検索閲覧システムトップページ
■図2 DNAブック®データベース・検索閲覧システムの役割
■図3 閲覧検索機能マップ

(問い合わせ先)

独立行政法人理化学研究所

横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター


遺伝子構造・機能研究グループ


 プロジェクトディレクター
(独立行政法人科学技術振興機構、プレベンチャー事業、DNAブックチームリーダー兼務)



林ア  良英


プロジェクト副ディレクター河合   純


     TEL: 045-503-9222FAX: 045-503-9216



研究推進部星野 美和子


     TEL:045-503-9117FAX:045-503-9113


独立行政法人科学技術振興機構

 プレベンチャー事業 DNAブックチームサブリーダー



渡邉 幸彦


     TEL: 045-508-7464FAX:045-508-7467


独立行政法人科学技術振興機構

 産学連携事業本部 技術展開部 新規事業創出課



米谷 雅之、粂田 真宏


     TEL: 03-5214-0016FAX: 03-5214-0017

(報道担当)

独立行政法人理化学研究所


広報室駒井 秀宏


     TEL: 048-467-9272FAX: 048-462-4715


独立行政法人科学技術振興機構


総務部広報室阿部 学


     TEL: 03-5214-8404FAX: 03-5214-8432