平成21年度採択継続研究開発課題（平成21年10月～平成23年9月）

研究課題名	メタゲノム統合解析システムの開発
代表研究者（氏名・所属）	黒川　顕（東京工業大学大学院生命理工学研究科　教授）
概要	これまでの研究開発で、メタゲノムデータから遺伝子配列を予測、クラスタリングし、それらを機能別にデータベース化および可視化する、統合解析システムの開発を実施してきた。本課題では、これまでのシステムを発展させ、メタゲノム解析ワークフローを確立するとともに、メタゲノムを研究する際に重要な情報となる、細菌叢を取り巻く環境因子の各要素を記述したメタデータと、メタゲノムデータを統合し、メタ比較解析を可能とするシステム開発を目指す。さらにヒトメタゲノム研究における細菌叢とヒト免疫系との関係の解明に資するシステムの開発を目指す。

研究課題名	タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発
代表研究者（氏名・所属）	榊原　康文（慶應義塾大学理工学部　教授）
概要	これまでの研究開発で、タンパク質化合物相互作用予測システムの開発を行い、wet検証実験を利用したフィードバック戦略を確立し、それを応用することでアンドロゲンアンタゴニストの新規リード化合物を発見した。本課題では、これを発展させて、さらに、予測の機能だけを取り出して化合物探索に特化したChemical BLASTを構築する。また、新たに２つのがん関連タンパク質に対するリード化合物の探索とその機能解析を目指す。

研究課題名	高精度タンパク質間相互作用予測システムの開発
代表研究者（氏名・所属）	清水　謙多郎（東京大学大学院農学生命科学研究科　教授）
概要	これまでの研究開発で、独自の手法によるタンパク質間相互作用予測・解析システムを構築してきた。本課題では、これを発展させて、より精度の高い統合的な相互作用予測・解析システム（相互作用予測、相互作用部位予測、ドッキングシミュレーション）を開発し、その予測・解析結果を利用して相互作用データベースを構築する。また、多様な電子伝達系を有する芳香環二原子酸素添加酵素について、実験的手法と開発するシステムの両方を用いて解析し、電子伝達時の相互作用の解明・体系化を図る。