追跡評価

バイオインフォマティクス推進センター事業 生命情報データベースの高度化・標準化課題(第Ⅱ期:平成18年度採択課題)および創造的な生物・情報知識融合型の研究開発(平成17年度~21年度採択課題)の追跡評価について

平成27年3月
科学技術振興機構
バイオサイエンスデータベースセンター

科学技術振興機構(JST)は、バイオインフォマティクス推進センター事業における「生命情報データベースの高度化・標準化」(第Ⅱ期:平成18年度採択課題)、及び「創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」(平成17~21年度採択課題)の追跡評価を実施した。これは、副次的効果を含めて研究開発成果の発展状況や活用状況等を明らかにし、事業及び事業運営の改善等に資することを目的として、実施したものである。

1.追跡評価の目的

事後評価を終えて2年以上経過した課題について、副次的効果を含めて研究開発成果の発展状況や活用状況等を明らかにし、事業及び事業運営の改善等に資することを目的とする。

2.対象となる研究開発課題

2.1 生命情報データベースの高度化・標準化(第Ⅱ期)(7課題)

  • 「ホヤプロテイン統合データベースの構築 」(平成18年度~22年度)
    代表研究者 稲葉 一男 (筑波大学下田臨海実験センター 教授)
  • 「ゲノムと環境の統合解析による生命システムの機能解読(KEGG) 」(平成18年度~22年度)
    代表研究者 金久 實(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター 教授)
  • 「バイオ基幹情報資源の高準化と共用化」(平成18年度~22年度)
    代表研究者 菅原 秀明(国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター 教授)
  • 「オントロジーによるパスウェイの高度化および国際標準化(INOH パスウェイデータベース)」(平成18年度~22年度)
    代表研究者 高木 利久(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)
  • 「蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化(PDBj)」(平成18年度~22年度)
    代表研究者 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所 教授)
  • 「メタボロームMSスペクトル統合データベースの開発(Metabolome-Mass Spectral Database)」(平成18年度~22年度)
    代表研究者 西岡 孝明(慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科先端生命科学研究所 教授)
  • 「マルチモーダル統合バイオDB(Multimodal BIODB)」(平成18年度~22年度)
    代表研究者 森下 真一(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)

  •  ※所属は採択時時点


2.2 創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」(平成17~21年度採択課題)(15課題)

  • 「大規模な比較ゲノム研究を展開するためのワークベンチの構築/大規模比較ゲノムワークベンチの実践的応用に向けた研究開発」(平成17年度~20年度/平成20年度~22年度)
    代表研究者 内山 郁夫(自然科学研究機構基礎生物学研究所 助手/自然科学研究機構基礎生物学研究所 助教)
  • 「タンパク質の構造・機能予測法の開発とヒトゲノム配列への適用/タンパク質の構造・機能・相互作用予測システムの開発と展開」(平成17年度~20年度/平成20年度~22年度)
    代表研究者 太田 元規(東京工業大学学術国際情報センター 助教授/名古屋大学大学院情報科学研究科 教授)
  • 「脳スライス中で可視化した神経シナプスの自動解析」(平成17年度~20年度)
    代表研究者 川戸 佳(東京大学大学院総合文化研究科 教授)
  • 「ヒト胚の形態発生に関する三次元データベース」(平成17年度~20年度/平成20年度~22年度)
    代表研究者 塩田 浩平(京都大学大学院医学研究科 教授)
  • 「実践による超分子複合体モデリングシステムの開発/実践による超分子ネットワークモデリングシステムの開発」(平成17年度~20年度/平成20年度~22年度)
    代表研究者 白井 剛(長浜バイオ大学バイオサイエンス学部 教授)
  • 「マウスを用いた脳機能表現型データベースの開発」(平成17年度~20年度)
    代表研究者 宮川 剛(京都大学大学院医学研究科 助教授)
  • 「予測技術を用いた生命システムの同定手法の開発」(平成18年度~21年度)
    代表研究者 石井 信(奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科 教授)
  • 「メタゲノムオーソログ遺伝子統合解析システムの開発/メタゲノム統合解析システムの開発」(平成18年度~21年度/平成21年度~23年度)
    代表研究者 黒川 顕(奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科 助教授/東京工業大学大学院生命理工学研究科 教授)
  • 「タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発」(平成18年度~21年度/平成21年度~23年度)
    代表研究者 榊原 康文(慶應義塾大学理工学部 教授)
  • 「高精度タンパク質間相互作用予測システムの開発」(平成18年度~21年度/平成21年度~23年度)
    代表研究者 清水 謙多郎(東京大学大学院農学生命科学研究科 教授)
  • 「転写制御領域の構築原理解明」(平成18年度~21年度)
    代表研究者 中井 謙太(東京大学医科学研究所 教授)
  • 「酵素反応分類に基づく酵素反応予測システムの開発」(平成19年度~22年度)
    代表研究者 長野 希美(産業技術総合研究所生命情報工学研究センター 主任研究員)
  • 「進化型計算と自己組織化による適応的画像分類法の開発」(平成19年度~22年度)
    代表研究者 馳澤 盛一郎(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)
  • 「生命科学上の非構造化データの統合マイニング」(平成19年度~22年度)
    代表研究者 馬見塚 拓(京都大学化学研究所 教授)
  • 「ダイナミクスを考慮した膜蛋白質の構造モデリング法の開発」(平成19年度~22年度)
    代表研究者 水口 賢司(医薬基盤研究所バイオインフォマティクスプロジェクト プロジェクトリーダー)

  •  ※所属は採択時時点。研究開発期間は、研究開始年度10月から研究終了年度9月まで
      (ただし平成18年度採択については、研究開始年度11月から研究終了年度9月まで)
  

3.評価者

評価者は、「バイオインフォマティクス推進センター事業 追跡評価委員会」の評価委員の5名。

主査 小原 雄治   国立遺伝学研究所 特任教授/ライフサイエンス統合データベースセンター センター長
委員 漆原 秀子   筑波大学生命環境系 教授
委員 白髭 克彦   東京大学分子細胞生物学研究所 教授
委員 諏訪 牧子   青山学院大学理工学部化学・生命科学科 教授
委員 豊柴 博義   武田薬品工業株式会社医薬研究本部 主任研究員
委員 美宅 成樹   豊田理化学研究所 客員フェロー

 ※所属は平成27年3月時点

4.評価方法

4.1 追跡調査

追跡評価の対象である「生命情報データベースの高度化・標準化(7課題)」、及び「創造的な生物・情報知識融合型の研究開発(15課題)」について、追跡調査を行った。
追跡調査項目は、(1)調査対象課題の公開データ(中間評価、事後評価、終了報告書、研究実施報告書)による研究成果の把握、(2)論文引用数などのデータベース調査、(3)研究代表者へのアンケート調査による、その後の研究の発展状況や研究開発成果の波及効果、研究成果の利用状況、参画した研究員等の動向等である。これらの結果を踏まえ、追跡調査報告書を作成した。

4.2 追跡評価

追跡調査報告書を元に、以下の視点で、追跡評価委員による評価を実施した。
(1)研究成果の活用状況や発展状況に関する評価
・構築されたデータベースの機能や開発された技術等の活用状況はどうか。
・研究終了後の研究開発の継続状況、研究開発による成果の発展状況はどうか。
(2)研究開発による成果の科学技術的、社会的及び経済的な効果・効用に関する評価
・バイオインフォマティクス分野及びライフサイエンス分野の研究への貢献はどうか。
・新しい分野の人材育成の面での貢献はどうか。
・社会的及び経済的な効果はどうか。
(3)総合評価
・総合的に判断して以下のどの評価にあてはまるか。
S) 十分な活用がなされている。
A) 活用がなされている。
B) 活用がやや不足している。
C) 活用が不足している。

生命情報データベースの高度化・標準化(第Ⅱ期)

課題名 代表研究者名 追跡調査報告書 追跡評価報告書
ホヤプロテイン統合データベースの構築 稲葉 一男 (筑波大学下田臨海実験センター 教授)  PDF(566 KB) PDF (506 KB)
ゲノムと環境の統合解析による生命システムの機能解読(KEGG) 金久 實(京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター 教授)  PDF(616 KB)
バイオ基幹情報資源の高準化と共用化 菅原 秀明(国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター 教授)  PDF(612 KB)
オントロジーによるパスウェイの高度化および国際標準化(INOH パスウェイデータベース) 高木 利久(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)  PDF(494 KB)
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化(PDBj) 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所 教授)  PDF(765 KB)
メタボロームMSスペクトル統合データベースの開発(Metabolome-Mass Spectral Database) 西岡 孝明(慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科先端生命科学研究所 教授)  PDF(756 KB)
マルチモーダル統合バイオDB(Multimodal BIODB) 森下 真一(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)  PDF(1,027 KB)
※調査報告書は平成26年4月に作成

創造的な生物・情報知識融合型の研究開発」(平成17~21年度採択課題)

課題名 代表研究者名 追跡調査報告書 追跡評価報告書
大規模な比較ゲノム研究を展開するためのワークベンチの構築/大規模比較ゲノムワークベンチの実践的応用に向けた研究開発 内山 郁夫(自然科学研究機構基礎生物学研究所 助手/自然科学研究機構基礎生物学研究所 助教) PDF(992 KB) PDF (506 KB)

※生命情報データベースの高度化・標準化(第Ⅱ期)の追跡評価報告書と内容は同じです
タンパク質の構造・機能予測法の開発とヒトゲノム配列への適用/タンパク質の構造・機能・相互作用予測システムの開発と展開 太田 元規(東京工業大学学術国際情報センター 助教授/名古屋大学大学院情報科学研究科 教授) PDF(601 KB)
脳スライス中で可視化した神経シナプスの自動解析 川戸 佳(東京大学大学院総合文化研究科 教授) PDF(633 KB)
ヒト胚の形態発生に関する三次元データベース 塩田 浩平(京都大学大学院医学研究科 教授) PDF(594 KB)
実践による超分子複合体モデリングシステムの開発/実践による超分子ネットワークモデリングシステムの開発 白井 剛(長浜バイオ大学バイオサイエンス学部 教授) PDF(650 KB)
マウスを用いた脳機能表現型データベースの開発 宮川 剛(京都大学大学院医学研究科 助教授) PDF(823 KB)
予測技術を用いた生命システムの同定手法の開発 石井 信(奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科 教授) PDF(569 KB)
メタゲノムオーソログ遺伝子統合解析システムの開発/メタゲノム統合解析システムの開発 黒川 顕(奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科 助教授/東京工業大学大学院生命理工学研究科 教授) PDF(601 KB)
タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発 榊原 康文(慶應義塾大学理工学部 教授) PDF(529 KB)
高精度タンパク質間相互作用予測システムの開発 清水 謙多郎(東京大学大学院農学生命科学研究科 教授) PDF(555 KB)
転写制御領域の構築原理解明 中井 謙太(東京大学医科学研究所 教授) PDF(747 KB)
酵素反応分類に基づく酵素反応予測システムの開発 長野 希美(産業技術総合研究所生命情報工学研究センター 主任研究員) PDF(497 KB)
進化型計算と自己組織化による適応的画像分類法の開発 馳澤 盛一郎(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授) PDF(580 KB)
生命科学上の非構造化データの統合マイニング 馬見塚 拓(京都大学化学研究所 教授) PDF(809 KB)
ダイナミクスを考慮した膜蛋白質の構造モデリング法の開発 水口 賢司(医薬基盤研究所バイオインフォマティクスプロジェクト プロジェクトリーダー) PDF(590 KB)
※調査報告書は平成26年4月に作成