リソース

パスウェイマップ

Influenza Viral Life Cycle Map (FluMap)

インフルエンザウイルスの複製と宿主応答のメカニズムを理解するために、各種論文やパスウェイデータベースを元に構築した、網羅的インフルエンザウイルス複製 - 宿主応答マップをオンラインで公開しています。網羅的なマップとともに、参照した論文一覧も閲覧できます。

ツール

CTen (Cell type enrichment analysis for microarray data)

CTenは、in vivoの組織サンプル中の細胞型の構成を識別するためのツールです。CTenは、さまざまな種類の細胞型データを分析するデータ・アルゴリズムからなり、たとえば免疫学研究者が遺伝子発現データを用いて、組織中の免疫細胞の構成を推測する際に役立つツールといえます。

CellDesigner

CellDesignerは、SBML (Systems Biology Markup Language)をネイティブフォーマットとして使用し、厳密に定義されたグラフィカル表記の標準であるSBGN (Systems Biology Graphical Notation)に準拠して、生化学および遺伝子調節ネットワークを表現するモデリングツールです。また、SBW (Systems Biology Workbench)にも対応しており、既存のリソースおよびソフトウェアツールとの連携を可能にして、多くの研究者に役立つツールです。

Payao / iPathways+

Payaoは、同一パスウェイモデルを同時に複数のグループメンバーで共同作業を可能にするためのツールです。PayaoにCellDesgnerで作成されたモデルを登録し、パスウェイ上の特定箇所にコメントや文献情報、各種データベースへのリンクなどタグ付けができます。このように、オンライン上で、パスウェイに特化した情報交換、最新情報の共有、最終的には議論に基づいたモデルの更新を目指しています。Payaoは SBI (The System Biology Institute) とOIST（沖縄科学技術大学院大学）によって共同開発されたツールです。

iPathways+ は、オンライン上でパスウェイモデルを表示・共有するシステムです。iPathways+ は SBI (The System Biology Institute) とOIST（沖縄科学技術大学院大学）によって共同開発されました。 FluMap は iPathways+ のシステムを使って提供されています。

PSIN (The Protein Similarity Network)

タンパク質類似ネットワーク（PSIN）は、タンパク質の配列が類似している場合にのみタンパク質間を接続したネットワークです。 PSINは、17,410のタンパク質を網羅、1,749,273のコネクションで接続されています。